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[GROMACS] 蛋白MD时个别残基RMSF过大,检查轨迹发现异常如何解决?

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本帖最后由 a8223007 于 2020-5-28 15:18 编辑

蛋白用swissmodel同源建模以后,进行水中的模拟,我之前按照官方教程做的,做出来用VMD看轨迹发现很大的问题,有的残基会被拉伸的特别长,请问这一般是怎么回事呢(按照官方教程水中的溶菌酶来做的,力场是54a7)? 这是正常的结构
这是某些帧的结构
另外,请问是先在真空中进行能量最小化后再添加离子溶剂呢?还是添加完溶剂离子再能量最小化(gromacs官方教程是这样的)?

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发表于 Post on 2020-5-28 18:48:00 | 只看该作者 Only view this author
在mdp里让蛋白质设成消除平动,免得模拟过程中蛋白质飘到盒子边缘,造成你的现象
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-1 14:19:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-28 18:48
在mdp里让蛋白质设成消除平动,免得模拟过程中蛋白质飘到盒子边缘,造成你的现象

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