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求助如何正确统计离子的数目

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chw985550192

发布时间: 2020-6-17 15:02

正文摘要:

想请教个问题，我在跑一个磷酸钙的团簇（amber跑的），我想统计团簇的大小，就是以一个某一个钙离子为中心画圆，然后统计其周围比如0.3nm内的所有残基。有时候因为镜像的问题导致统计的残基数目并不准确。 file:/// ...

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chw985550192 发表于 Post on 2020-6-18 22:53:24

sobereva 发表于 2020-6-18 12:30
昨天我在群里已经回复了，用pbwithin代替within
统计时是否考虑PBC和观看轨迹时是否考虑PBC是两码事，对于 ...

好的，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2020-6-18 12:30:26

昨天我在群里已经回复了，用pbwithin代替within
统计时是否考虑PBC和观看轨迹时是否考虑PBC是两码事，对于后者显示周期镜像就完了。要么用VMD的pbctools对轨迹进行后处理，详见http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools

naoki 发表于 Post on 2020-6-18 09:16:22

chw985550192 发表于 2020-6-17 22:33
谢谢你的回答，我一会试试。还要一个问题想要请教你，请问有什么办法可以合并上述图中的两个团簇吗，谢谢

只是显示问题的话 VMD多显示一个镜像盒子就能看到完整团簇了

chw985550192 发表于 Post on 2020-6-17 22:33:15

conanatm 发表于 2020-6-17 22:30
在VMD中使用same residue as {pbwithin 3 of serial $CA}可以在考虑PBC的情况下选中距离Ca 3A 以内的所有残 ...

谢谢你的回答，我一会试试。还要一个问题想要请教你，请问有什么办法可以合并上述图中的两个团簇吗，谢谢

conanatm 发表于 Post on 2020-6-17 22:30:20

在VMD中使用same residue as {pbwithin 3 of serial $CA}可以在考虑PBC的情况下选中距离Ca 3A 以内的所有残基。

chw985550192 发表于 Post on 2020-6-17 22:29:27

请问有什么方法可以让图中的两个团簇合并为一个团簇，好方便统计，谢谢。

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