求助如何正确统计离子的数目

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-6-17 15:02:07

想请教个问题，我在跑一个磷酸钙的团簇（amber跑的），我想统计团簇的大小，就是以一个某一个钙离子为中心画圆，然后统计其周围比如0.3nm内的所有残基。有时候因为镜像的问题导致统计的残基数目并不准确。
file:///C:\Users\chw\AppData\Roaming\Tencent\Users\3012065406\TIM\WinTemp\RichOle\)~6UNI}7NLP2`M9AAQ5QJ]1.png

如下图所示，图中有两个团簇，实际上是一个团簇，只是镜像的问题导致不在一起。有什么办法可以让这两个团簇显示为一个整体，并且每一帧都可以这也显示。谢谢

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-6-17 22:29:27

请问有什么方法可以让图中的两个团簇合并为一个团簇，好方便统计，谢谢。

conanatm · 发表于 Post on 2020-6-17 22:30:20

在VMD中使用same residue as {pbwithin 3 of serial $CA}可以在考虑PBC的情况下选中距离Ca 3A 以内的所有残基。

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-6-17 22:33:15

conanatm 发表于 2020-6-17 22:30
在VMD中使用same residue as {pbwithin 3 of serial $CA}可以在考虑PBC的情况下选中距离Ca 3A 以内的所有残 ...

谢谢你的回答，我一会试试。还要一个问题想要请教你，请问有什么办法可以合并上述图中的两个团簇吗，谢谢

naoki · 发表于 Post on 2020-6-18 09:16:22

chw985550192 发表于 2020-6-17 22:33
谢谢你的回答，我一会试试。还要一个问题想要请教你，请问有什么办法可以合并上述图中的两个团簇吗，谢谢

只是显示问题的话 VMD多显示一个镜像盒子就能看到完整团簇了

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-18 12:30:26

昨天我在群里已经回复了，用pbwithin代替within
统计时是否考虑PBC和观看轨迹时是否考虑PBC是两码事，对于后者显示周期镜像就完了。要么用VMD的pbctools对轨迹进行后处理，详见http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools

chw985550192 · 发表于 Post on 2020-6-18 22:53:24

sobereva 发表于 2020-6-18 12:30
昨天我在群里已经回复了，用pbwithin代替within
统计时是否考虑PBC和观看轨迹时是否考虑PBC是两码事，对于 ...

好的，谢谢sob老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VMD] 求助 如何正确统计离子的数目

[VMD] 求助如何正确统计离子的数目