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求助蛋白-配体溶剂化截断复合物Amber参数生成问题

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hhhnano

发布时间: 2020-7-9 22:49

正文摘要:

本帖最后由 hhhnano 于 2020-7-10 09:37 编辑蛋白-配体在进行AMBER-MM 最小化、平衡、成品模拟后，用cpptraj处理轨迹文件，取最后一帧截照，截断蛋白-符合为5埃以外的水分子，重新生成prmtop 和inpcrd文件。 ...

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hhhnano 发表于 Post on 2020-7-10 10:48:26

本帖最后由 hhhnano 于 2020-7-10 11:03 编辑

多谢DoubeeTwT指点，问题1我是没有想到水元素，问题2，我是将OXT修改为O,也能通过，您的解决方案更好。

DoubeeTwT 发表于 Post on 2020-7-10 10:13:16

本帖最后由 DoubeeTwT 于 2020-7-10 10:17 编辑

问题一：Warning: Atom names in each residue should be unique.
水元素中的原子名重复，猜测你在PDB文件中的水元素原子名给的是O H H两个相同的原子名，这个Amber自己给你改过来了问题不大，但以后记得不要一样

问题二：Created a new atom named: OXT within residue: .R<VAL 339>
Warning: One sided connection. Residue (Cl-) missing connect0 atom.在你最后的VAL后加一行TER,由于你没有告诉Amber339已经是最后一个氨基酸了所以它还在想如何把VAL339和Cl340连接起来，这个很重要，需要你修改

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