求助蛋白-配体溶剂化截断复合物Amber参数生成问题

hhhnano

蛋白-配体在进行AMBER-MM 最小化、平衡、成品模拟后，用cpptraj处理轨迹文件，取最后一帧截照，截断蛋白-符合为5埃以外的水分子，重新生成prmtop 和inpcrd文件。

tleap -f oldff/leaprc.ff99SB

>source leaprc.gaff
>source leaprc.water.tip3p
>loadamberparams MFA.frcmod
>loadoff MFA.lib （配体）
>com =  loadpdb DLP-equil-499-cut-wat.pdb （截断5埃之外的蛋白-配体-水分子复合物），
> charge com
> addions com Cl- 0
> saveamberparm com DLP-equil-499-cut-wat.prmtop DLP-equil-499-cut-wat.inpcrd

可以生成prmtop inpcrd文件





但在执行“com =  loadpdb DLP-equil-499-cut-wat.pdb ”出现如下问题，不知会不会影响模拟结果？恳请各位牛人指点，非常感谢

Loading PDB file: ./DLP-equil-499-cut-wat.pdb
-- residue 2048: duplicate [ H1] atoms (total 21)
-- residue 2048: duplicate [ H2] atoms (total 21)
-- residue 2048: duplicate [ O] atoms (total 21)
-- residue 2057: duplicate [ H1] atoms (total 2)
-- residue 2057: duplicate [ H2] atoms (total 2)
-- residue 2057: duplicate [ O] atoms (total 2)
-- residue 2064: duplicate [ H1] atoms (total 2)
-- residue 2064: duplicate [ H2] atoms (total 2)
-- residue 2064: duplicate [ O] atoms (total 2)
-- residue 2069: duplicate [ H1] atoms (total 5)
-- residue 2069: duplicate [ H2] atoms (total 5)
-- residue 2069: duplicate [ O] atoms (total 5)
-- residue 2071: duplicate [ H1] atoms (total 2)
-- residue 2071: duplicate [ H2] atoms (total 2)
-- residue 2071: duplicate [ O] atoms (total 2)
-- residue 2074: duplicate [ H1] atoms (total 3)
-- residue 2074: duplicate [ H2] atoms (total 3)
-- residue 2074: duplicate [ O] atoms (total 3)
-- residue 2078: duplicate [ H1] atoms (total 2)
-- residue 2078: duplicate [ H2] atoms (total 2)
-- residue 2078: duplicate [ O] atoms (total 2)
-- residue 2079: duplicate [ H1] atoms (total 17)
-- residue 2079: duplicate [ H2] atoms (total 17)
-- residue 2079: duplicate [ O] atoms (total 17)
-- residue 2104: duplicate [ H1] atoms (total 22)
-- residue 2104: duplicate [ H2] atoms (total 22)
-- residue 2104: duplicate [ O] atoms (total 22)
-- residue 2105: duplicate [ H1] atoms (total 243)
-- residue 2105: duplicate [ H2] atoms (total 243)
-- residue 2105: duplicate [ O] atoms (total 243)
-- residue 2038: duplicate [ H1] atoms (total 2)
-- residue 2038: duplicate [ H2] atoms (total 2)
-- residue 2038: duplicate [ O] atoms (total 2)
-- residue 2044: duplicate [ H1] atoms (total 2)
-- residue 2044: duplicate [ H2] atoms (total 2)
-- residue 2044: duplicate [ O] atoms (total 2)

Warning: Atom names in each residue should be unique.
     (Same-name atoms are handled by using the first
      occurrence and by ignoring the rest.
      Frequently duplicate atom names stem from alternate
      conformations in the PDB file.)

Created a new atom named: OXT within residue: .R<VAL 339>

Warning: One sided connection. Residue (Cl-) missing connect0 atom.
  total atoms in file: 11460
  The file contained 1 atoms not in residue templates
原子名好像没有重复的，蛋白复合物片段如下：

ATOM   2038 HG11 VAL X 133      23.949  45.593  35.252  0.00  0.00           H
ATOM   2039 HG12 VAL X 133      24.645  44.071  35.361  0.00  0.00           H
ATOM   2040 HG13 VAL X 133      22.954  44.242  35.953  0.00  0.00           H
ATOM   2041  CG2 VAL X 133      25.972  45.267  37.216  0.00  0.00           C
ATOM   2042 HG21 VAL X 133      26.335  45.316  38.242  0.00  0.00           H
ATOM   2043 HG22 VAL X 133      26.433  44.329  36.908  0.00  0.00           H
ATOM   2044 HG23 VAL X 133      26.265  46.099  36.575  0.00  0.00           H
ATOM   2045  C   VAL X 133      22.308  46.080  37.661  0.00  0.00           C
ATOM   2046  O   VAL X 133      21.688  46.829  36.874  0.00  0.00           O
ATOM   2047  N   GLU X 134      21.613  45.264  38.506  0.00  0.00           N
ATOM   2048  H   GLU X 134      22.140  44.703  39.160  0.00  0.00           H
ATOM   2049  CA  GLU X 134      20.142  45.228  38.502  0.00  0.00           C
ATOM   2050  HA  GLU X 134      19.745  44.867  37.554  0.00  0.00           H
ATOM   2051  CB  GLU X 134      19.636  44.071  39.418  0.00  0.00           C
ATOM   2052  HB2 GLU X 134      19.994  43.108  39.052  0.00  0.00           H
ATOM   2053  HB3 GLU X 134      20.073  44.233  40.403  0.00  0.00           H
ATOM   2054  CG  GLU X 134      18.036  43.964  39.532  0.00  0.00           C
ATOM   2055  HG2 GLU X 134      17.653  44.861  40.019  0.00  0.00           H
ATOM   2056  HG3 GLU X 134      17.610  43.856  38.535  0.00  0.00           H
ATOM   2057  CD  GLU X 134      17.581  42.677  40.305  0.00  0.00           C
ATOM   2058  OE1 GLU X 134      17.103  41.704  39.684  0.00  0.00           O
ATOM   2059  OE2 GLU X 134      17.867  42.722  41.569  0.00  0.00           O
ATOM   2060  C   GLU X 134      19.477  46.550  38.870  0.00  0.00           C
ATOM   2061  O   GLU X 134      18.370  46.897  38.449  0.00  0.00           O
ATOM   2062  N   GLU X 135      20.040  47.463  39.650  0.00  0.00           N
ATOM   2063  H   GLU X 135      20.865  47.132  40.129  0.00  0.00           H
ATOM   2064  CA  GLU X 135      19.573  48.820  40.023  0.00  0.00           C
ATOM   2065  HA  GLU X 135      18.492  48.814  40.162  0.00  0.00           H
ATOM   2066  CB  GLU X 135      20.321  49.331  41.239  0.00  0.00           C
ATOM   2067  HB2 GLU X 135      21.396  49.192  41.125  0.00  0.00           H
ATOM   2068  HB3 GLU X 135      20.088  50.390  41.347  0.00  0.00           H
ATOM   2069  CG  GLU X 135      19.901  48.766  42.631  0.00  0.00           C
ATOM   2070  HG2 GLU X 135      19.584  47.723  42.596  0.00  0.00           H
ATOM   2071  HG3 GLU X 135      20.808  48.851  43.230  0.00  0.00           H
ATOM   2072  CD  GLU X 135      18.698  49.547  43.232  0.00  0.00           C
ATOM   2073  OE1 GLU X 135      18.532  49.435  44.488  0.00  0.00           O
ATOM   2074  OE2 GLU X 135      17.887  50.121  42.485  0.00  0.00           O
ATOM   2075  C   GLU X 135      19.864  49.851  38.877  0.00  0.00           C
ATOM   2076  O   GLU X 135      18.893  50.404  38.309  0.00  0.00           O
ATOM   2077  N   VAL X 136      21.157  50.100  38.551  0.00  0.00           N
ATOM   2078  H   VAL X 136      21.806  49.467  38.994  0.00  0.00           H
ATOM   2079  CA  VAL X 136      21.550  51.266  37.689  0.00  0.00           C
ATOM   2080  HA  VAL X 136      20.993  52.197  37.796  0.00  0.00           H
ATOM   2081  CB  VAL X 136      22.984  51.720  37.984  0.00  0.00           C
ATOM   2082  HB  VAL X 136      23.737  50.965  37.758  0.00  0.00           H
ATOM   2083  CG1 VAL X 136      23.236  53.076  37.183  0.00  0.00           C
ATOM   2084 HG11 VAL X 136      24.313  53.232  37.121  0.00  0.00           H
ATOM   2085 HG12 VAL X 136      22.907  52.907  36.158  0.00  0.00           H
ATOM   2086 HG13 VAL X 136      22.660  53.920  37.563  0.00  0.00           H
ATOM   2087  CG2 VAL X 136      23.100  52.022  39.515  0.00  0.00           C
ATOM   2088 HG21 VAL X 136      22.743  51.203  40.140  0.00  0.00           H
ATOM   2089 HG22 VAL X 136      24.128  52.300  39.745  0.00  0.00           H
ATOM   2090 HG23 VAL X 136      22.505  52.897  39.774  0.00  0.00           H
ATOM   2091  C   VAL X 136      21.405  50.887  36.192  0.00  0.00           C
ATOM   2092  O   VAL X 136      20.871  51.653  35.416  0.00  0.00           O
ATOM   2093  N   GLY X 137      21.914  49.723  35.824  0.00  0.00           N
ATOM   2094  H   GLY X 137      22.072  49.181  36.662  0.00  0.00           H
ATOM   2095  CA  GLY X 137      21.623  48.998  34.582  0.00  0.00           C
ATOM   2096  HA2 GLY X 137      21.908  49.774  33.871  0.00  0.00           H
ATOM   2097  HA3 GLY X 137      22.242  48.106  34.488  0.00  0.00           H
ATOM   2098  C   GLY X 137      20.180  48.586  34.378  0.00  0.00           C
ATOM   2099  O   GLY X 137      19.668  48.599  33.240  0.00  0.00           O
ATOM   2100  N   GLY X 138      19.452  48.347  35.466  0.00  0.00           N
ATOM   2101  H   GLY X 138      19.952  48.183  36.328  0.00  0.00           H
ATOM   2102  CA  GLY X 138      18.015  48.511  35.483  0.00  0.00           C
ATOM   2103  HA2 GLY X 138      17.701  48.578  36.525  0.00  0.00           H
ATOM   2104  HA3 GLY X 138      17.798  49.422  34.924  0.00  0.00           H
ATOM   2105  C   GLY X 138      17.255  47.296  34.879  0.00  0.00           C
ATOM   2106  O   GLY X 138      16.201  47.520  34.281  0.00  0.00           O
ATOM   2107  N   GLN X 139      17.885  46.129  34.859  0.00  0.00           N
ATOM   2108  H   GLN X 139      18.775  46.063  35.330  0.00  0.00           H
ATOM   2109  CA  GLN X 139      17.383  44.868  34.292  0.00  0.00           C
ATOM   2110  HA  GLN X 139      16.313  44.929  34.489  0.00  0.00           H
ATOM   2111  CB  GLN X 139      17.848  44.931  32.851  0.00  0.00           C
ATOM   2112  HB2 GLN X 139      17.259  45.826  32.649  0.00  0.00           H
ATOM   2113  HB3 GLN X 139      18.936  44.988  32.836  0.00  0.00           H
ATOM   2114  CG  GLN X 139      17.350  43.697  32.096  0.00  0.00           C
ATOM   2115  HG2 GLN X 139      18.005  42.833  32.203  0.00  0.00           H

DoubeeTwT

问题一：Warning: Atom names in each residue should be unique.
水元素中的原子名重复，猜测你在PDB文件中的水元素原子名给的是O H H两个相同的原子名，这个Amber自己给你改过来了问题不大，但以后记得不要一样

问题二：Created a new atom named: OXT within residue: .R<VAL 339>
             Warning: One sided connection. Residue (Cl-) missing connect0 atom.在你最后的VAL后加一行TER,由于你没有告诉Amber339已经是最后一个氨基酸了所以它还在想如何把VAL339和Cl340连接起来，这个很重要，需要你修改

hhhnano

多谢DoubeeTwT指点，问题1我是没有想到水元素，问题2，我是将OXT修改为O,也能通过，您的解决方案更好。