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求助:金属簇键长理论计算值和实验晶体数据相差甚远

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发布时间: 2020-8-19 22:13

正文摘要:

体系为吡啶环-Ag3的金属簇(体系涉及到pi-pi堆积),晶体数据显示其中一个Ag-Ag的键长为4.03埃。使用不同泛函进行测试(小原子基组为6-31G*或6-31G**,Ag用的是加了极化的SDD赝势基组),结果不同泛函测试得到的其中一 ...

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Scarlett-ww 发表于 Post on 2020-8-21 10:02:44
indec 发表于 2020-8-20 11:52
我常用的/发过文章的 ADF,ORCA,Gaussian。基组最大用过 Def2-QZVPP/Dhf-QZVPP,仅仅是算单点;算十几个 ...

嗯好的,感谢
Scarlett-ww 发表于 Post on 2020-8-21 09:59:42
sobereva 发表于 2020-8-20 23:23
我从来没推荐VASP做。就算是做周期性计算,我也是推荐QE。

这种体系用Gaussian(图稳)和ORCA(图快) ...

感谢Sob老师。
Scarlett-ww 发表于 Post on 2020-8-21 09:58:17
wzkchem5 发表于 2020-8-20 11:43
非周期体系VASP没有优势,个人建议用orca的纯泛函,比如BP86加色散校正,开了RI以后非常快。orca在你列举 ...

好的我试一下,感谢
indec 发表于 Post on 2020-8-21 01:22:56
biogon 发表于 2020-8-20 15:12
纯泛函TDDFT精度很糟糕的,甚至可能不如杂化泛函用sTDDFT

同意。
sobereva 发表于 Post on 2020-8-20 23:23:05
Scarlett-ww 发表于 2020-8-20 10:49
我还想请教一下,您做多核d10金属配合物,用的什么程序呢?我刚接触多核金属,看文献有用各种程序的,Gau ...

我从来没推荐VASP做。就算是做周期性计算,我也是推荐QE。

这种体系用Gaussian(图稳)和ORCA(图快)妥妥的,完全没必要考虑其它程序。

另:
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508
为什么我非常不建议购买和使用阿DF量子化学程序
http://sobereva.com/489

biogon 发表于 Post on 2020-8-20 15:12:55
indec 发表于 2020-8-20 11:52
我常用的/发过文章的 ADF,ORCA,Gaussian。基组最大用过 Def2-QZVPP/Dhf-QZVPP,仅仅是算单点;算十几个 ...

纯泛函TDDFT精度很糟糕的,甚至可能不如杂化泛函用sTDDFT
indec 发表于 Post on 2020-8-20 11:52:32
Scarlett-ww 发表于 2020-8-20 10:49
我还想请教一下,您做多核d10金属配合物,用的什么程序呢?我刚接触多核金属,看文献有用各种程序的,Gau ...

我常用的/发过文章的 ADF,ORCA,Gaussian。基组最大用过 Def2-QZVPP/Dhf-QZVPP,仅仅是算单点;算十几个金属原子的团簇,我一般优先考虑 ORCA 和 ADF;ORCA 里用纯泛函(团簇领域一般常用 PBE/TPSS/BP86) +RI+def2-svp(有能力可以升到 def2-tzvp)级别的来优化结构,算TD(可能得考虑杂化泛函)都是完全够用的,ADF里调用 TDDFT+TB 来拟合吸收谱也很好用(这个有点吃硬盘,缓存盘得大);ORCA 里的 PBEh-3c/B97-3c 等方法来算金属团簇效果很不好,SCF 收敛也很困难,哪怕能收敛最后的结构也很离谱
wzkchem5 发表于 Post on 2020-8-20 11:43:44
Scarlett-ww 发表于 2020-8-20 10:49
我还想请教一下,您做多核d10金属配合物,用的什么程序呢?我刚接触多核金属,看文献有用各种程序的,Gau ...

非周期体系VASP没有优势,个人建议用orca的纯泛函,比如BP86加色散校正,开了RI以后非常快。orca在你列举的这几个程序里还有一个优势,就是只有它是免费的。
Scarlett-ww 发表于 Post on 2020-8-20 10:49:36
indec 发表于 2020-8-20 06:17
我也是做多核d10 金属配合物的,按我的经验来看,3.2-3.4 &Aring; 是 Ag-Ag 的合理距离,4 &Aring; 是过长了 ...

我还想请教一下,您做多核d10金属配合物,用的什么程序呢?我刚接触多核金属,看文献有用各种程序的,Gaussian,Dmol3,Orca,ADF等。我计算的金属不超过5个,用的上述基组,basis functions 已经高达1300多,但是目前也还算的动。但是之后可能会涉及到超过10~20个金属的超分子团簇,用什么程序合适呢?我看到Sob老师推荐使用的VASP+Gaussian的方法,不知道这种非周期性金属团簇体系适合用吗?
Scarlett-ww 发表于 Post on 2020-8-20 10:34:51
喵星大佬 发表于 2020-8-20 09:22
应该是晶体里面两侧有阴离子。。。在溶液里面不会这么长的

嗯,是的,我忽略了,实属不该
Scarlett-ww 发表于 Post on 2020-8-20 10:32:19
indec 发表于 2020-8-20 06:17
我也是做多核d10 金属配合物的,按我的经验来看,3.2-3.4 &Aring; 是 Ag-Ag 的合理距离,4 &Aring; 是过长了 ...

嗯对,是的,我忽略了Ag和其他抗衡离子之间的关系,这是最大的问题。非常感谢~
Scarlett-ww 发表于 Post on 2020-8-20 10:29:39
wzkchem5 发表于 2020-8-19 22:56
几个可能性:
(1)实验的Ag和其他分子有分子间相互作用,拉大了Ag-Ag间距,但是因为你是单拿出一个分子算 ...

非常感谢,我忽略了Ag和其他抗衡离子之间的关系,这个可能是最主要的原因。
喵星大佬 发表于 Post on 2020-8-20 09:22:14
应该是晶体里面两侧有阴离子。。。在溶液里面不会这么长的
indec 发表于 Post on 2020-8-20 06:17:16
我也是做多核d10 金属配合物的,按我的经验来看,3.2-3.4 Å 是 Ag-Ag 的合理距离,4 Å 是过长了。有几点想确认一下,1)请比较一下吡啶环的角度,分子间吡啶-吡啶的 π-π 堆积可能是使得 Ag-Ag 距离被拉长的原因,2)阴离子在单晶中被解出来来了吗?如果有的话,他是什么,在哪里?如果没有的话,是否可能和两个 Ag 有作用?单晶里 Q 峰位置在哪?2 L 的第二三点我觉得可以暂时不必考虑,def2tzvp 里对 Ag 的赝势就是基于SDD (http://sobereva.com/373),我的实际使用中,这两者在这类体系中的差异没有到 1 Å 这么大,第三点的反铁磁耦合可以直接忽略,这个体系里出现这种情况的可能性微乎其微;第四点和第一点一致,Ag–Ag 自发的金属-金属作用不会使得 Ag–Ag 距离摆动到 4 Å,除非被其他作用拉长。

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