刹那芳华1990 发表于 2024-4-27 18:17
请问老师，第4部分里，原子受力和ADCH电荷是怎么展示在一张图里的？我看了老师关于这两个内容的帖子，但是 ...

按照下文先显示出受力
在VMD中显示Gaussian计算的原子受力
http://sobereva.com/568（http://bbs.keinsci.com/thread-19363-1-1.html）
然后把这个体系的绘制分子结构的rep删掉，再按下文以原子电荷着色方式显示结构就完了
使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数
http://sobereva.com/425（http://bbs.keinsci.com/thread-10163-1-1.html）

请问老师，第4部分里，原子受力和ADCH电荷是怎么展示在一张图里的？我看了老师关于这两个内容的帖子，但是只能分开做.....

QEQEIop 发表于 2023-6-19 23:46
不好意思，没有描述清楚。
mode  NoEfield Ez=0.02a.u.  Ez=0.002a.u.
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我没见过这种情况。没输入输出文件我也没法评论

sobereva 发表于 2023-6-19 23:20
没有碰见难以消除的虚频。原理上也不存在消不掉的虚频

我不知道你想手算什么

不好意思，没有描述清楚。
mode  NoEfield Ez=0.02a.u.  Ez=0.002a.u.
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7        42.35        -8809.21        -689.01
8        60.65        -7473.98        -577.83
9        96.41        -7341.98        -258.05
10        123.48        -7068.98        -243.65
11        159.58        -6728.39        -151.68
12        187.24        -6495.37        -139.26
13        205.07        -6384.79        -103.97
14        216.89        -6268.96        -95.88
15        236.78        -6204.91        100.49
16        246.94        -5949.22        103.01
17        287.75        -5875.37        119.47
18        302.77        -5857.03        160.23
19        303.61        -5676.86        231.74
20        313.76        -5566.58        241.77
21        322.52        -5530.85        250.67
22        331.57        -5395.67        292.33
23        362.25        -5246.15        311.27
24        396.54        -5128.64        343.43
25        458.26        -5117.54        359.61
26        513.08        -4975.23        411.22(cm^-1)
我是想算一个分子在电场下的振动模式的变化,频率漂移的特性。但是在测试中发现，分子在有电场下出现虚频。我简单通过增加scf和opt到tight下，并且将基组从简单的b3lyp+D3增加至def2-svp+D3,def2-TZVPP+d3,以及b3lyp+D3+TZVPP，def2-qzvp+d3，发现尽管计算量增加，但是虚频还在，变化不大。。。测试一些简单体系则很容易得到没有虚频的，振动频率与电场的变化关系。所以计算流程和方法应该没有大毛病。可能就是我算的那个大分子比较复杂。对于这种加电场之后虚频不好消除（仅指我会的那种简单方式处理后），不知道这种情况是怎么去解决？还望您指点迷津！

QEQEIop 发表于 2023-6-19 22:52
sob老师，我拜读了一下您发表的这篇论文，同时我测试了一个有强偶极矩分布的分子（在不同位置均有C=O，N=O ...

没有碰见难以消除的虚频。原理上也不存在消不掉的虚频

我不知道你想手算什么

sob老师，我拜读了一下您发表的这篇论文，同时我测试了一个有强偶极矩分布的分子（在不同位置均有C=O，N=O此类的基团），发现分子在外电场作用下，只要0.002 a.u.的电场，就足以使得分子发生很大形变，（基组用的def2-tzvp,d3,B3LYP,），并且在低频区（几百波数）出现了难以消除的虚频，即使我加上一个衬底使得分子形变减小，虚频还是非常明显。我用一般的有极性双原子分子测试则很难出现虚频。
我想请教一下，您在计算18碳环的振动特性时，是否遇到过虚频难以消除的情况？如果没有的话，假设我这种不对称，多极化基团的体系是否只能通过分析分子的偶极矩手算了啊······

sobereva 发表于 2023-6-13 11:48
QE我不评论
CP2K结合Multiwfn使用很容易，可靠性毫无问题
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文 ...

超级感谢！我去玩玩试试！

QEQEIop 发表于 2023-6-12 11:53
谢谢社长！我记得QE也可以加局域电场。您能否给个建议，如果我要算局域电场对分子的影响，用QE和CP2K哪个 ...

QE我不评论
CP2K结合Multiwfn使用很容易，可靠性毫无问题
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

sobereva 发表于 2023-6-12 10:44
不能
CP2K倒是可以，允许你提供一个格点数据文件，里面定义各个格点上的外加静电势，静电势的梯度对应电 ...

谢谢社长！我记得QE也可以加局域电场。您能否给个建议，如果我要算局域电场对分子的影响，用QE和CP2K哪个会比较容易，以及结果的话哪个可能更靠谱？

QEQEIop 发表于 2023-6-12 10:33
社长好！我是orca使用新手，想请教一下orca可不可以将电场施加位局域电场，或者是空间中渐变的。比如某个比 ...

不能
CP2K倒是可以，允许你提供一个格点数据文件，里面定义各个格点上的外加静电势，静电势的梯度对应电场。这样的格点数据文件可以自己写个程序根据实际要求产生。

社长好！我是orca使用新手，想请教一下orca可不可以将电场施加位局域电场，或者是空间中渐变的。比如某个比较大的分子在局域上施加电场，只对其某个基团产生主要影响。不知道这种能不能做？

debai 发表于 2023-5-13 18:13
不好意思呀，键级的标注会跟着您的方法做，可您说的把键长改变量写入文件，还是不清楚具体的操作，是把每 ...

是

sobereva 发表于 2023-5-8 22:28
参考下文。把键长改变量写入文件，用gview着色

将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法

不好意思呀，键级的标注会跟着您的方法做，可您说的把键长改变量写入文件，还是不清楚具体的操作，是把每个键长的改变量算一下，把程序算的键级换成算的键长差吗？谢谢！

debai 发表于 2023-5-8 16:50
不好意思，再请教一个问题。先说说想法，就是比较加电场后键长变化的直观体现，比如用不同颜色表示变长或 ...

参考下文。把键长改变量写入文件，用gview着色

将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法
http://sobereva.com/523（http://bbs.keinsci.com/thread-15658-1-1.html）