VMD在观察运行轨迹时，如何去掉些不该出现的线条（已经解决）

查看数: 24633 | 评论数: 11 | 收藏 Add to favorites 21

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2020-10-27 21:59

本帖最后由牧生于 2021-5-10 16:44 编辑做了SDS在水中的运动情况，然后VMD观察轨迹，隐藏了水但是有很多不该出现的线条，请教如何去掉这个是运行之前的图

回复 Reply

ddddnight 发表于 Post on 2021-5-29 10:19:23

sobereva 发表于 2021-5-29 00:18
本来默认就显示

看到了，老师。背景是白色的，那个字也是白色的，所以开始没看到

sobereva 发表于 Post on 2021-5-29 00:18:12

ddddnight 发表于 2021-5-28 22:50
老师，这个楼主的左下角的坐标轴标注的xyz是VMD能显示，怎么显示啊，还是说ps 上去的

本来默认就显示

ddddnight 发表于 Post on 2021-5-28 22:50:59

sobereva 发表于 2020-10-28 08:59

老师，这个楼主的左下角的坐标轴标注的xyz是VMD能显示，怎么显示啊，还是说ps 上去的

牧生 发表于 Post on 2021-5-10 16:45:47

打开新的xtc以后，载入gro文件时，要选择最近一次的gro，就没有少量的线条了。
如果选择能量最小化以后得到的gro，可能仍有线条

sobereva 发表于 Post on 2021-5-9 03:57:13

牧生发表于 2021-5-8 08:19
近日遇到这样的问题，使用如下命令
gmx trjconv -f npt.xtc -o new.xtc -s npt.tpr-pbc whole或者这个命 ...

按我3L的ppt里的做法，重新让VMD判断成键

知黑守白 发表于 Post on 2020-11-14 09:33:07

sobereva 发表于 2020-11-11 00:40
点了Align就消了

谢谢卢老师！！！

sobereva 发表于 Post on 2020-11-11 00:40:36

知黑守白发表于 2020-11-10 08:47
卢老师，请问VMD在观察载入的轨迹的时候，蛋白体系的平动能消掉吗？
因为一遍观看轨迹一遍不停平移核旋 ...

点了Align就消了

知黑守白 发表于 Post on 2020-11-10 08:47:10

sobereva 发表于 2020-10-28 08:59

卢老师，请问VMD在观察载入的轨迹的时候，蛋白体系的平动能消掉吗？
因为一遍观看轨迹一遍不停平移核旋转实在是太麻烦了

sobereva 发表于 Post on 2020-10-28 08:59:20

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

Kangtor 发表于 Post on 2020-10-27 22:19:02

那是因为水分子（或SDS）的一部分穿过了边界，而VMD仍然显示水分子的一部分和另一部分仍然成键导致的。
只是显示的问题，可以在Drawing Method里面设置动态键选项

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register