libo371324 发表于 2020-12-8 19:40
2018.4算是早期版本吗

写错啦，抱歉

sobereva 发表于 2020-11-1 09:57
我不知道你的mdp内容设置的依据是什么
vdw_type用PME根本没必要，耗时还高
都1 fs步长了都没必要用lincs
...

2018.4算是早期版本吗

二饼妹 发表于 2020-11-13 10:32
老师，我按照7楼的步骤又跑了几遍，nvt那一步已经跑了50ns了，发现同样的步骤同样跑50ns得到的结果相差非 ...

你怀疑的话可以跑更长

sobereva 发表于 2020-11-5 22:04
没问题

原则上分子数越多统计误差越小

老师，我按照7楼的步骤又跑了几遍，nvt那一步已经跑了50ns了，发现同样的步骤同样跑50ns得到的结果相差非常大，是哪里出问题了呢，该怎么调整啊？延长时间？（这篇文献里密度跑了50ns，跑黏度的话是不是应该更长时间？）求老师解答

二饼妹 发表于 2020-11-5 09:43
好的老师，那请问下面的步骤正确么？
1、packmol建立5*5*15的盒子放入300：600的氯化胆碱+尿素，然后最 ...

没问题

原则上分子数越多统计误差越小

sobereva 发表于 2020-11-4 14:17
你用了cos-acceleration显然就是在用周期扰动法

当体系盒子尺寸变化非常微小的时候，直接用NPT就行了， ...

好的老师，那请问下面的步骤正确么？
1、packmol建立5*5*15的盒子放入300：600的氯化胆碱+尿素，然后最小化。
2、进行NPT（10ns)，使用berendsen压浴，v-rescale热浴，并做退火处理。
3、NVT(10ns)。
另外想问下老师盒子里填的粒子数并非越多越好吧？

你用了cos-acceleration显然就是在用周期扰动法

当体系盒子尺寸变化非常微小的时候，直接用NPT就行了，没必要刻意切换到NVT。但鉴于你当前情况结果比较诡异，我也不知道你的实际模拟情况如何，所以让你尝试更稳妥的NVT

二饼妹 发表于 2020-11-1 22:16
谢谢老师，这个mdp文件是一篇文献中采用的，这是它提供的跑密度的mdp，我在它的基础上加了cos-accelerati ...

按我前面说的，尝试更稳的模拟设置，注意版本问题。
另外，原则上用周期扰动法应该用NPT平衡后的NVT的动力学

sobereva 发表于 2020-11-1 09:57
我不知道你的mdp内容设置的依据是什么
vdw_type用PME根本没必要，耗时还高
都1 fs步长了都没必要用lincs
...

谢谢老师，这个mdp文件是一篇文献中采用的，这是它提供的跑密度的mdp，我在它的基础上加了cos-acceleration，因为他跑的密度、黏度误差都很小就直接拿来用了，但是发现我跑出来的会出现上述情况。也用过下面这个mdp文件但是跑出来结果不合理并且跑几次差别也很大，请教一下老师是哪里出了问题呢？
define =
integrator = md
dt         = 0.001
nsteps     = 2000000
comm-grps  = system
energygrps =
cos-acceleration = 0.05
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 200
nstenergy = 100
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 0.8
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 0.8
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2
tc_grps = system
ref_t   = 303.15
;
Pcoupl     = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 303.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds

我不知道你的mdp内容设置的依据是什么
vdw_type用PME根本没必要，耗时还高
都1 fs步长了都没必要用lincs

原理上把Z方向盒子设得越大、统计越长时间、cos-acceleration设得越小，越能得到合理的结果。另外，不要用GROMACS 2018早期版本，周期扰动法的结果是错的。
跑几次差别较大属于统计精度太差，哪次的都没法用。