计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9346|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 低共熔溶剂黏度模拟时间如何选择

[复制链接 Copy URL]

65

帖子

0

威望

575

eV
积分
640

Level 4 (黑子)

使用gromacs进行氯化胆碱+尿素的黏度模拟,力场是参考一篇文献中改进的OPLS力场,使用packmol构建5*5*5的盒子放入300:600的氯化胆碱:尿素。已经进行了最小化em和平衡相eq(10ns,参考文献中的时间),想问一下prod.mdp文件设置多长时间合适呢,实验黏度是514.8cp,跑过很多不同的时间,发现时间越长误差越大,比如1ns~20ns的时候黏度甚至上千;跑500~900ps时黏度稍微接近一点,但是每个时间跑几次跑出来差别也较大,如800ps时误差分别为3%,19%,25%等,请问这样的情况是正常的么,如何判断跑多长时间后体系已经达到平衡并且跑出来的数据是对的,具有参考价值的呢?附件是跑黏度的mdp文件,想问一下那些地方需要修改?氯化胆碱和尿素的分子结构如下图。多谢各位老师!

QQ截图20201031200517.png (24.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

氯化胆碱+尿素

氯化胆碱+尿素

v.mdp

2.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 22

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-11-1 09:57:42 | 只看该作者 Only view this author
我不知道你的mdp内容设置的依据是什么
vdw_type用PME根本没必要,耗时还高
都1 fs步长了都没必要用lincs

原理上把Z方向盒子设得越大、统计越长时间、cos-acceleration设得越小,越能得到合理的结果。另外,不要用GROMACS 2018早期版本,周期扰动法的结果是错的。
跑几次差别较大属于统计精度太差,哪次的都没法用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

65

帖子

0

威望

575

eV
积分
640

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-1 22:16:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-1 09:57
我不知道你的mdp内容设置的依据是什么
vdw_type用PME根本没必要,耗时还高
都1 fs步长了都没必要用lincs
...

谢谢老师,这个mdp文件是一篇文献中采用的,这是它提供的跑密度的mdp,我在它的基础上加了cos-acceleration,因为他跑的密度、黏度误差都很小就直接拿来用了,但是发现我跑出来的会出现上述情况。也用过下面这个mdp文件但是跑出来结果不合理并且跑几次差别也很大,请教一下老师是哪里出了问题呢?
define =
integrator = md
dt         = 0.001
nsteps     = 2000000
comm-grps  = system
energygrps =
cos-acceleration = 0.05
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 200
nstenergy = 100
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 0.8
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 0.8
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2
tc_grps = system
ref_t   = 303.15
;
Pcoupl     = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 303.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-11-2 13:13:15 | 只看该作者 Only view this author
二饼妹 发表于 2020-11-1 22:16
谢谢老师,这个mdp文件是一篇文献中采用的,这是它提供的跑密度的mdp,我在它的基础上加了cos-accelerati ...

按我前面说的,尝试更稳的模拟设置,注意版本问题。
另外,原则上用周期扰动法应该用NPT平衡后的NVT的动力学
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

65

帖子

0

威望

575

eV
积分
640

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-2 21:26:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-2 13:13
按我前面说的,尝试更稳的模拟设置,注意版本问题。
另外,原则上用周期扰动法应该用NPT平衡后的NVT的动 ...

谢谢老师,我想问一下怎么用周期扰动法呀?(论坛里没有找到)您的意思是先npt平衡之后再进行nvt模拟粘度么?但是我查找之前您在群里的解答说模拟粘度要在NPT下做

11.png (22.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

11.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2020-11-4 14:17:50 | 只看该作者 Only view this author
你用了cos-acceleration显然就是在用周期扰动法

当体系盒子尺寸变化非常微小的时候,直接用NPT就行了,没必要刻意切换到NVT。但鉴于你当前情况结果比较诡异,我也不知道你的实际模拟情况如何,所以让你尝试更稳妥的NVT
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

65

帖子

0

威望

575

eV
积分
640

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-5 09:43:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-4 14:17
你用了cos-acceleration显然就是在用周期扰动法

当体系盒子尺寸变化非常微小的时候,直接用NPT就行了, ...

好的老师,那请问下面的步骤正确么?
1、packmol建立5*5*15的盒子放入300:600的氯化胆碱+尿素,然后最小化。
2、进行NPT(10ns),使用berendsen压浴,v-rescale热浴,并做退火处理。
3、NVT(10ns)。
另外想问下老师盒子里填的粒子数并非越多越好吧?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2020-11-5 22:04:35 | 只看该作者 Only view this author
二饼妹 发表于 2020-11-5 09:43
好的老师,那请问下面的步骤正确么?
1、packmol建立5*5*15的盒子放入300:600的氯化胆碱+尿素,然后最 ...

没问题

原则上分子数越多统计误差越小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

65

帖子

0

威望

575

eV
积分
640

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-13 10:32:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-5 22:04
没问题

原则上分子数越多统计误差越小

老师,我按照7楼的步骤又跑了几遍,nvt那一步已经跑了50ns了,发现同样的步骤同样跑50ns得到的结果相差非常大,是哪里出问题了呢,该怎么调整啊?延长时间?(这篇文献里密度跑了50ns,跑黏度的话是不是应该更长时间?)求老师解答

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2020-11-13 10:47:58 | 只看该作者 Only view this author
二饼妹 发表于 2020-11-13 10:32
老师,我按照7楼的步骤又跑了几遍,nvt那一步已经跑了50ns了,发现同样的步骤同样跑50ns得到的结果相差非 ...

你怀疑的话可以跑更长
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

60

帖子

0

威望

576

eV
积分
636

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2020-12-8 19:40:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-1 09:57
我不知道你的mdp内容设置的依据是什么
vdw_type用PME根本没必要,耗时还高
都1 fs步长了都没必要用lincs
...

2018.4算是早期版本吗

60

帖子

0

威望

576

eV
积分
636

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2020-12-8 20:01:43 | 只看该作者 Only view this author
libo371324 发表于 2020-12-8 19:40
2018.4算是早期版本吗

写错啦,抱歉

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 21:11 , Processed in 0.292419 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list