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重现文献中As+O2=AsO+O反应机理计算求助

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发布时间: 2020-11-2 23:27

正文摘要:

各位老师好,我是一个Gaussian新人,我最近在看一篇关于砷计算的文献,其中有一个反应是As+O2=AsO+O,根据这篇文献阐述的:过渡态As-O-O是直线型构型,并且给出了相应的键长。我按照文献中所说的构建了模型,然后按 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-8 20:25:31
IreneAlder 发表于 2020-11-8 19:59
极小点确认没有虚频,但是波函数是不稳定的

那就做stable=opt得到稳定波函数,再以这个波函数为初始猜测重新优化结构
IreneAlder 发表于 Post on 2020-11-8 19:59:59
wzkchem5 发表于 2020-11-6 23:18
极小点算频率确认没有虚频了吗?另外波函数稳定性检查过吗?

极小点确认没有虚频,但是波函数是不稳定的
wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-6 23:18:19
IreneAlder 发表于 2020-11-6 22:11
老师们晚上好,第一张图是我优化后得到的过渡态,第二张图是优化后得到的极小点。

极小点算频率确认没有虚频了吗?另外波函数稳定性检查过吗?
IreneAlder 发表于 Post on 2020-11-6 22:13:47
wzkchem5 发表于 2020-11-5 11:32
你优化出来的过渡态是什么样的?另外你得到的稳定As-O-O产物又是什么样的?

老师您好,优化后的构型我已经上传了,您看下。
另外我看到作者在做这部分的时候没有直接采用KiSThelP进行计算,还考虑了隧道效应校正常数。
wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-5 11:32:38
IreneAlder 发表于 2020-11-5 10:08
老师您好,相应构型和命令语句我上传到这里了,其中第三张图是文献中有关这段的描述,第二张是我直接用他的 ...

你优化出来的过渡态是什么样的?另外你得到的稳定As-O-O产物又是什么样的?
IreneAlder 发表于 Post on 2020-11-5 10:09:49
wzkchem5 发表于 2020-11-3 22:05
按理说文献应该会写用什么软件算的,即使正文没有,supporting information也会有,不然期刊不会允许这篇 ...

老师您好,最近事情有点多忘记回论坛看下了,我的过程都上传了,能麻烦您帮忙看下嘛
IreneAlder 发表于 Post on 2020-11-5 10:08:44
sobereva 发表于 2020-11-4 04:24
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

谢谢sob老师,以后会小心的
sobereva 发表于 Post on 2020-11-4 04:24:32
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当、很不具体的标题“简单反应机理计算”改了,以后务必注意
wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-3 22:05:39
IreneAlder 发表于 2020-11-3 21:38
老师您好,文献作者只回复我了一句这个不是用题目中所给的方法计算的。我猜应该不是用的高斯计算,那除了 ...

按理说文献应该会写用什么软件算的,即使正文没有,supporting information也会有,不然期刊不会允许这篇文章发出来的。除了高斯以外能算这个的软件多的是,ORCA、Turbomole、NWChem、GAMESS、Q-Chem等等一大堆。
另外最好按照qiqi7说的,把完整的输入输出文件贴上来,这样比较方便我们排查问题所在。
IreneAlder 发表于 Post on 2020-11-3 21:39:24
qiqi7 发表于 2020-11-3 19:01
你好,你是过渡态的结构和单点能量都不对吗,最好贴一下输入输出

老师您好,我用高斯找到的过渡态和文献中的不一样,所以就都不对  我也没搞明白是哪里出了问题
IreneAlder 发表于 Post on 2020-11-3 21:38:34
wzkchem5 发表于 2020-11-3 14:38
你的波函数稳定吗?
另外你之前只提到说能量出入大,有没有看梯度?过渡态的梯度应该是0(不会精确是0, ...

老师您好,文献作者只回复我了一句这个不是用题目中所给的方法计算的。我猜应该不是用的高斯计算,那除了高斯还有别人软件可以计算单点能量嘛。我因为只会一点高斯所以只能采用高斯计算
qiqi7 发表于 Post on 2020-11-3 19:01:50
IreneAlder 发表于 2020-11-3 14:32
老师您好,我按照您的意见重新做了一下,发现结果还是有出入。我的步骤是这样的:直接按照文献的构型在GV ...

你好,你是过渡态的结构和单点能量都不对吗,最好贴一下输入输出

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