请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
本论坛在1月18~21日期间仅限等级>=level 4的用户发帖

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 684|回复: 18

[新手求助] 重现文献中As+O2=AsO+O反应机理计算求助

[复制链接]

23

帖子

0

威望

87

eV
积分
110

Level 2 能力者

发表于 2020-11-2 23:27:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好,我是一个Gaussian新人,我最近在看一篇关于砷计算的文献,其中有一个反应是As+O2=AsO+O,根据这篇文献阐述的:过渡态As-O-O是直线型构型,并且给出了相应的键长。我按照文献中所说的构建了模型,然后按照文中的基组和计算方法进行计算。得到的结果和文献中的不一样,我做了IRC之后发现我优化出来的过渡态是As+O2=As-O-O。我注意到他做了很多的基元反应研究,并用KiSThelP拟合阿伦尼乌斯公式,但是唯独这个反应没有,而是采用绘图计算的。而且我按照文献上的数据画出来的构型,采用#p freq b3lyp/6-311g(3pf,3pd)计算(文献中的基组和计算方法),但是得到的能量和文献中的能量也不一样,相差较大。我发了一封邮件问了一下作者,他只模糊的说了这个才用了别的方法计算,但是并没有说明是采用什么方法,再问就没有回复我了,应该是比较忙。所以想请问一下各位老师,你们经历过这样的处理方法嘛,能不能告诉我一下呀,万分感谢。

1064

帖子

0

威望

608

eV
积分
1672

Level 5 (御坂)

发表于 2020-11-3 08:08:14 | 显示全部楼层
你的优化、单点能计算级别都和文献一致吗?
反应物种的自旋多重度确定设对了吗?

23

帖子

0

威望

87

eV
积分
110

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-11-3 08:40:19 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-3 08:08
你的优化、单点能计算级别都和文献一致吗?
反应物种的自旋多重度确定设对了吗?

老师您好,谢谢您的回复。
文献中提到计算和优化全在b3lyp/6-311g(3df,3pd)理论水平下进行优化和计算,所以我全在计算最后的计算水平也是这样的。
自旋多重度我没有考虑到,我待会试一下,谢谢老师

23

帖子

0

威望

87

eV
积分
110

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-11-3 14:32:23 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-3 08:08
你的优化、单点能计算级别都和文献一致吗?
反应物种的自旋多重度确定设对了吗?

老师您好,我按照您的意见重新做了一下,发现结果还是有出入。我的步骤是这样的:直接按照文献的构型在GV里面画出来,然后添加命令:#p freq b3lyp/6-311(3df,3pd) 进行计算 考虑了自旋多重度。老师您看下我的步骤有问题嘛
我是觉得既然文献中所说是过渡态,那我就直接检验就好了。

1064

帖子

0

威望

608

eV
积分
1672

Level 5 (御坂)

发表于 2020-11-3 14:38:32 | 显示全部楼层
IreneAlder 发表于 2020-11-3 14:32
老师您好,我按照您的意见重新做了一下,发现结果还是有出入。我的步骤是这样的:直接按照文献的构型在GV ...

你的波函数稳定吗?
另外你之前只提到说能量出入大,有没有看梯度?过渡态的梯度应该是0(不会精确是0,但是小于结构优化收敛限,也就是RMS gradient和MAX gradient应该都显示YES),你算出来跟0差多少?
还有就是,文献是用高斯算的吗?

2

帖子

0

威望

141

eV
积分
143

Level 2 能力者

发表于 2020-11-3 19:01:50 | 显示全部楼层
IreneAlder 发表于 2020-11-3 14:32
老师您好,我按照您的意见重新做了一下,发现结果还是有出入。我的步骤是这样的:直接按照文献的构型在GV ...

你好,你是过渡态的结构和单点能量都不对吗,最好贴一下输入输出

23

帖子

0

威望

87

eV
积分
110

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-11-3 21:38:34 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-3 14:38
你的波函数稳定吗?
另外你之前只提到说能量出入大,有没有看梯度?过渡态的梯度应该是0(不会精确是0, ...

老师您好,文献作者只回复我了一句这个不是用题目中所给的方法计算的。我猜应该不是用的高斯计算,那除了高斯还有别人软件可以计算单点能量嘛。我因为只会一点高斯所以只能采用高斯计算

23

帖子

0

威望

87

eV
积分
110

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-11-3 21:39:24 | 显示全部楼层
qiqi7 发表于 2020-11-3 19:01
你好,你是过渡态的结构和单点能量都不对吗,最好贴一下输入输出

老师您好,我用高斯找到的过渡态和文献中的不一样,所以就都不对  我也没搞明白是哪里出了问题

1064

帖子

0

威望

608

eV
积分
1672

Level 5 (御坂)

发表于 2020-11-3 22:05:39 | 显示全部楼层
IreneAlder 发表于 2020-11-3 21:38
老师您好,文献作者只回复我了一句这个不是用题目中所给的方法计算的。我猜应该不是用的高斯计算,那除了 ...

按理说文献应该会写用什么软件算的,即使正文没有,supporting information也会有,不然期刊不会允许这篇文章发出来的。除了高斯以外能算这个的软件多的是,ORCA、Turbomole、NWChem、GAMESS、Q-Chem等等一大堆。
另外最好按照qiqi7说的,把完整的输入输出文件贴上来,这样比较方便我们排查问题所在。

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
62539

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 2020-11-4 04:24:32 | 显示全部楼层
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当、很不具体的标题“简单反应机理计算”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学与GROMACS、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是快速提升计算化学研究水平的最佳途径。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

23

帖子

0

威望

87

eV
积分
110

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-11-5 10:08:19 | 显示全部楼层
老师您好,相应构型和命令语句我上传到这里了,其中第三张图是文献中有关这段的描述,第二张是我直接用他的结构计算频率。第一张和第四张是我按照文献中所说的绘制出的构型
DSWVGJ868P$){YEXPN82AZ5.png
TJM9~HSQ6]@R(%RM$7M[Q11.png
UH}02Z3ZW75YQ]H4J03`4)A.png
}JVFT9((YDLVTEP{V~19W}9.png

23

帖子

0

威望

87

eV
积分
110

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-11-5 10:08:44 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-4 04:24
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

谢谢sob老师,以后会小心的

23

帖子

0

威望

87

eV
积分
110

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-11-5 10:09:49 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-3 22:05
按理说文献应该会写用什么软件算的,即使正文没有,supporting information也会有,不然期刊不会允许这篇 ...

老师您好,最近事情有点多忘记回论坛看下了,我的过程都上传了,能麻烦您帮忙看下嘛

1064

帖子

0

威望

608

eV
积分
1672

Level 5 (御坂)

发表于 2020-11-5 11:32:38 | 显示全部楼层
IreneAlder 发表于 2020-11-5 10:08
老师您好,相应构型和命令语句我上传到这里了,其中第三张图是文献中有关这段的描述,第二张是我直接用他的 ...

你优化出来的过渡态是什么样的?另外你得到的稳定As-O-O产物又是什么样的?

23

帖子

0

威望

87

eV
积分
110

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2020-11-6 22:11:52 | 显示全部楼层
老师们晚上好,第一张图是我优化后得到的过渡态,第二张图是优化后得到的极小点。
C2@R$P]GX]$0RI0KIA$V7]P.png
M6@][`3%1`Q~U4{DI2U~_QI.png
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2021-1-20 04:57 , Processed in 0.167828 second(s), 27 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表