无垠 发表于 2022-7-23 13:13
求助一下各位大佬    怎么制作蛋白配体的混合的拓扑文件？已经生成小分子itp,但是不知道该怎么加进去

在top文件合适的位置加上#include "...itp"

BabysBreath 发表于 2020-11-19 10:16
啊谢谢大佬，你的这个帖子我昨天也看到了，但是是做两个小分子的，我想知道如果是蛋白质和小分子怎么做呢 ...

求助一下各位大佬    怎么制作蛋白配体的混合的拓扑文件？已经生成小分子itp,但是不知道该怎么加进去  

牧生 发表于 2020-11-19 11:23
notepad++打开两个itp文件，  

把其中一个.itp最前边的atomtypes那一部分剪到另一个.itp中的atomtypes后 ...

我仔细看了一下，如果是蛋白的话生成拓扑后好像没有itp吧或者有的那个itp只有position_restraints，而没有atomtypes这样

notepad++打开两个itp文件，  

把其中一个.itp最前边的atomtypes那一部分剪到另一个.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。

牧生 发表于 2020-11-19 10:51
能否把小分子include到蛋白质里面去？？

对，但是我想知道在哪儿地方加进去呢？我之前看的教程都没有这么操作而是Include prm和itp文件，外加加Moleculetype

BabysBreath 发表于 2020-11-19 10:16
啊谢谢大佬，你的这个帖子我昨天也看到了，但是是做两个小分子的，我想知道如果是蛋白质和小分子怎么做呢 ...

能否把小分子include到蛋白质里面去？？

牧生 发表于 2020-11-18 21:37
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

啊谢谢大佬，你的这个帖子我昨天也看到了，但是是做两个小分子的，我想知道如果是蛋白质和小分子怎么做呢？谢谢大佬~

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html


或许对你有帮助

sobereva 发表于 2020-11-18 18:45
此文提了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thr ...

另外还想麻烦社长关于把配体的itp文件引入到.top里这个具体怎么操作呢？谢谢社长~

sobereva 发表于 2020-11-18 18:45
此文提了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thr ...

好的，谢谢社长~

此文提了
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

里头有_GMX后缀的.gro、.itp、.top，直接在GROMACS里用即可