请教势能面扫描中坐标设置问题

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发布时间: 2020-11-18 14:27

本帖最后由 Zhangzhihe 于 2020-11-18 15:17 编辑最近在学习sob老师这篇势能面扫描的文章（http://sobereva.com/474 ）时，看到老师的例子是用 Li13 在垂直方向接近苯平面的中心，而对应的调节苯平面分子坐标和 ...

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Zhangzhihe 发表于 Post on 2020-11-19 20:08:28

liuyuje714 发表于 2020-11-18 15:11
你的这个问题主要是运动矢量是什么，可以用我这个工具http://bbs.keinsci.com/thread-18902-1-1.html实现自 ...

谢谢您的回答，有仔细看您编写的程序，学习之余一定多学学您的软件。

Zhangzhihe 发表于 Post on 2020-11-19 20:07:07

本帖最后由 Zhangzhihe 于 2020-11-19 20:14 编辑

wzkchem5 发表于 2020-11-18 15:58
扫描C-Li键长就行了
事实上sob老师这个扫描z坐标反倒是比较少用、也稍微麻烦一点的应用场景，大部分实际 ...

谢谢老师，找到需要的教程博文了
认真学习

FETEYA 发表于 Post on 2020-11-18 22:20:13

任意一条直线都可以表示为两个平面的交线.
若是想限制一个原子在一条直线上,可以在用G16中的GIC功能,同时限制这个在两个平面内.
在此基础上做扫描的话,只需要再选择一个恰当的扫描坐标就行了

wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-18 15:58:24

Zhangzhihe 发表于 2020-11-18 14:47
谢谢老师的回答，
是这样的，sob老师文章里的是Li垂直进攻苯环中心

扫描C-Li键长就行了
事实上sob老师这个扫描z坐标反倒是比较少用、也稍微麻烦一点的应用场景，大部分实际计算情况下都可以用扫描键长键角二面角来解决

liuyuje714 发表于 Post on 2020-11-18 15:11:00

你的这个问题主要是运动矢量是什么，可以用我这个工具http://bbs.keinsci.com/thread-18902-1-1.html实现自定义矢量得到轨迹转gaussian输入即可。当然是刚性的。

Zhangzhihe 发表于 Post on 2020-11-18 14:47:30

wzkchem5 发表于 2020-11-18 14:42
这个取决于你是否要求C-Li的方向严格垂直于苯环平面，还是说不一定需要严格垂直？

谢谢老师的回答，
是这样的，sob老师文章里的是Li垂直进攻苯环中心

我就猜想如果是从其他角度去进攻
比如说是Li13从我图像中的红色箭头方向进攻C4（不是垂直的），
相应的坐标该怎么设置呢

wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-18 14:42:41

这个取决于你是否要求C-Li的方向严格垂直于苯环平面，还是说不一定需要严格垂直？

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