sobereva 发表于 2020-12-16 01:43
#include 配体.itp

[molecules]里设

好的，谢谢社长！

BabysBreath 发表于 2020-12-15 12:07
不好意思社长，我刚才又看了一下，我还有一个问题就是怎么把配体的itp文件引入到.top中，以及在哪儿设置. ...

#include 配体.itp

[molecules]里设

sobereva 发表于 2020-12-15 02:20
用gmx genrestr产生要限制的组的位置限制信息，插入到恰当位置就完了

不好意思社长，我刚才又看了一下，我还有一个问题就是怎么把配体的itp文件引入到.top中，以及在哪儿设置.top中各种分子数呢？谢谢社长~

sobereva 发表于 2020-12-15 02:20
用gmx genrestr产生要限制的组的位置限制信息，插入到恰当位置就完了

就是topol.top不需要在include了嘛？

BabysBreath 发表于 2020-12-14 09:39
不好意思还得麻烦问社长一个问题，之前的我做成功了，然后我现在卡在了后面做限制性动力学这部上了，我之 ...

用gmx genrestr产生要限制的组的位置限制信息，插入到恰当位置就完了

sobereva 发表于 2020-12-9 19:06
把itp include到主top文件不就完了

一个典型的蛋白质+离子+小分子的主top文件：

不好意思还得麻烦问社长一个问题，之前的我做成功了，然后我现在卡在了后面做限制性动力学这部上了，我之前的时候都是更改topol.top里的porse.itp文件，但是有了ca和cl之后这个文件就没有了，所以想麻烦问一下社长这一步怎么做呢？谢谢社长

sobereva 发表于 2020-12-9 19:06
把itp include到主top文件不就完了

一个典型的蛋白质+离子+小分子的主top文件：

好哒，我试一下，谢谢社长！

把itp include到主top文件不就完了

一个典型的蛋白质+离子+小分子的主top文件：

1. ; Include forcefield parameters
   
2. #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
   
3. 
   
4. ; Include chain topologies
   
5. #include "BEN_GMX.itp"
   
6. #include "topol_Protein_chain_A.itp"
   
7. #include "topol_Ion_chain_A2.itp"
   
8. 
   
9. ; Include water topology
   
10. #include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"
    
11. 
    
12. #ifdef POSRES_WATER
    
13. ; Position restraint for each water oxygen
    
14. [ position_restraints ]
    
15. ;  i funct       fcx        fcy        fcz
    
16.    1    1       1000       1000       1000
    
17. #endif
    
18. 
    
19. ; Include topology for ions
    
20. #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
    
21. 
    
22. [ system ]
    
23. ; Name
    
24. CATIONIC TRYPSIN in water
    
25. 
    
26. [ molecules ]
    
27. ; Compound        #mols
    
28. Protein_chain_A     1
    
29. Ion_chain_A2        1
    
30. BEN                 1
    
31. SOL         9127
    
32. CL               9

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