计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9632|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:蛋白质生成两个chain后做小分子和蛋白质的时候如何修改itp文件

[复制链接 Copy URL]

35

帖子

0

威望

228

eV
积分
263

Level 3 能力者

麻烦问一下各位老师,我用来做MD的蛋白质因为包含ca和cl所以生成了两个chain,并且我想把这个蛋白用来做小分子的MD。但是我之前学的教程并没有给出这种问题的处理方案,根据官方教程5,其他的地方都没有问题,只有在itp文件的时候我不知道该怎么修改(如图,因为两个chain生成了两个itp并且topol.top没有像教程这样有itp这行),所以想麻烦问一下各位老师怎么做呢?另外还想麻烦问一下根据科音各位大大们给的图片,前面几部我基本都会做,但是到把配体的itp引入到.top中的时候我就不太会了,所以也想麻烦问一下各位老师有更具体的处理教程嘛?谢谢老师!

微信图片_20201209173433.png (91.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

微信图片_20201209173433.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-12-9 19:06:48 | 只看该作者 Only view this author
把itp include到主top文件不就完了

一个典型的蛋白质+离子+小分子的主top文件:

  1. ; Include forcefield parameters
  2. #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"

  3. ; Include chain topologies
  4. #include "BEN_GMX.itp"
  5. #include "topol_Protein_chain_A.itp"
  6. #include "topol_Ion_chain_A2.itp"

  7. ; Include water topology
  8. #include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"

  9. #ifdef POSRES_WATER
  10. ; Position restraint for each water oxygen
  11. [ position_restraints ]
  12. ;  i funct       fcx        fcy        fcz
  13.    1    1       1000       1000       1000
  14. #endif

  15. ; Include topology for ions
  16. #include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"

  17. [ system ]
  18. ; Name
  19. CATIONIC TRYPSIN in water

  20. [ molecules ]
  21. ; Compound        #mols
  22. Protein_chain_A     1
  23. Ion_chain_A2        1
  24. BEN                 1
  25. SOL         9127
  26. CL               9
复制代码



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

228

eV
积分
263

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-10 08:23:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-9 19:06
把itp include到主top文件不就完了

一个典型的蛋白质+离子+小分子的主top文件:

好哒,我试一下,谢谢社长!

35

帖子

0

威望

228

eV
积分
263

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-14 09:39:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-9 19:06
把itp include到主top文件不就完了

一个典型的蛋白质+离子+小分子的主top文件:

不好意思还得麻烦问社长一个问题,之前的我做成功了,然后我现在卡在了后面做限制性动力学这部上了,我之前的时候都是更改topol.top里的porse.itp文件,但是有了ca和cl之后这个文件就没有了,所以想麻烦问一下社长这一步怎么做呢?谢谢社长

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2020-12-15 02:20:36 | 只看该作者 Only view this author
BabysBreath 发表于 2020-12-14 09:39
不好意思还得麻烦问社长一个问题,之前的我做成功了,然后我现在卡在了后面做限制性动力学这部上了,我之 ...

用gmx genrestr产生要限制的组的位置限制信息,插入到恰当位置就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

228

eV
积分
263

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-15 10:52:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-15 02:20
用gmx genrestr产生要限制的组的位置限制信息,插入到恰当位置就完了

就是topol.top不需要在include了嘛?

35

帖子

0

威望

228

eV
积分
263

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-15 12:07:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-15 02:20
用gmx genrestr产生要限制的组的位置限制信息,插入到恰当位置就完了

不好意思社长,我刚才又看了一下,我还有一个问题就是怎么把配体的itp文件引入到.top中,以及在哪儿设置.top中各种分子数呢?谢谢社长~

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2020-12-16 01:43:05 | 只看该作者 Only view this author
BabysBreath 发表于 2020-12-15 12:07
不好意思社长,我刚才又看了一下,我还有一个问题就是怎么把配体的itp文件引入到.top中,以及在哪儿设置. ...

#include 配体.itp

[molecules]里设
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

228

eV
积分
263

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-17 15:08:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-16 01:43
#include 配体.itp

[molecules]里设

好的,谢谢社长!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 19:43 , Processed in 0.961843 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list