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求助分子筛计算是否可以将模型简化冻结?

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发布时间: 2021-1-9 19:32

正文摘要:

小弟最近想计算分子筛催化,本来想用VASP算,但是一个晶胞上的原子都块200了,所以想简化成团簇用Gaussian计算(边界用OH饱和),但这样我发现分子筛的结构会塌,所以请问各位大佬,我可不可以将团簇冻结后,再计算 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2021-10-25 17:27:02
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-10-25 10:28 编辑
sunqinghao 发表于 2021-10-25 09:54
你好楼主,我也是刚入门分子筛催化计算的,冻住就报错103,正常优化结构就塌,很难受

贴具体报错信息,以及完整输入文件。如果有保密要求,输入文件的坐标部分可以不贴全,只节选一个没冻住的原子和一个冻住的原子,但是其余部分一行都不能少,连空行也不能少。
最忌讳的问法就是只报哪个link出错了,需要知道每个link出错有非常非常多的不同的成因,只报link号基本没有任何用。
sunqinghao 发表于 Post on 2021-10-25 16:54:01
背影里的微笑 发表于 2021-1-10 19:46
感谢sob老师的解答,我回来试试。

你好楼主,我也是刚入门分子筛催化计算的,冻住就报错103,正常优化结构就塌,很难受
背影里的微笑 发表于 Post on 2021-1-10 19:46:32
sobereva 发表于 2021-1-10 03:56
精度整体差不多相当于第一性原理领域里用得较多的DFTB,这样你可能明白点

你这种体系,有个像样的双路 ...

感谢sob老师的解答,我回来试试。
sobereva 发表于 Post on 2021-1-10 03:56:13
背影里的微笑 发表于 2021-1-9 22:38
您好,感谢回复,如果用xtb的话会不会精度不太够?之前没用过xtb,对它不太了解

精度整体差不多相当于第一性原理领域里用得较多的DFTB,这样你可能明白点

你这种体系,有个像样的双路服务器,恰当使用混合基组,不重要的区域用诸如3-21G*凑合,做优化没有问题。如果计算资源实在太差,优化用xtb跑GFN-xTB也不是不可以

xtb相关知识:
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html
背影里的微笑 发表于 Post on 2021-1-9 22:38:12
喵星大佬 发表于 2021-1-9 20:25
可以用cp2k,先用xtb算,然后再看

您好,感谢回复,如果用xtb的话会不会精度不太够?之前没用过xtb,对它不太了解
背影里的微笑 发表于 Post on 2021-1-9 22:35:48
niobium 发表于 2021-1-9 20:53
有意义的。一般都是要冻结的,只算铝和周围一圈氧(或者再加一圈硅)。
你这个模型最好把乙烷建在一个孔中 ...

感谢大佬回复,我有一点不太明白,您的意思是我可以把团簇全部冻结包括铝原子等?还是只把外层原子冻结留着铝原子和它附近的一些原子不冻结?如果是全部冻结的话,我担心在活性位(铝旁边的氧)上的反应构型会不会有问题?。。。我们的机器不咋地,所以只能出此下策尽量简化模型减少计算量。。。
niobium 发表于 Post on 2021-1-9 20:53:06
有意义的。一般都是要冻结的,只算铝和周围一圈氧(或者再加一圈硅)。
你这个模型最好把乙烷建在一个孔中,建议多看看文献。
分子筛的团簇模型文献中从早期的几个T原子模型到最近几十个甚至上百个T原子的都有,大了之后用ONIOM的比较多。不过这年头机器快了,两百个原子全用DFT也能搞。

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喵星大佬 发表于 Post on 2021-1-9 20:25:34
可以用cp2k,先用xtb算,然后再看

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