计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

如何正确选取原子测定分子结构中两个环的二面角

查看数: 23625 | 评论数: 17 | 收藏 Add to favorites 8
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2021-1-19 08:59

正文摘要:

如图分子,我想求红圈中两个环的二面角,应该在GaussView中选取哪四个原子或者还有什么其它方法?谢谢指教!

回复 Reply

Novice 发表于 Post on 2022-2-14 08:37:01
z1065480896 发表于 2022-2-10 16:50
想问下这个图使用什么软件做出来的

CCDC的Mercury做的,前面说了
z1065480896 发表于 Post on 2022-2-10 16:50:50
Novice 发表于 2021-1-19 15:04
选中位于一个平面上的至少三个原子,利用calculate菜单下面的plane功能产生一个平面,同样的步骤产生另一个 ...

想问下这个图使用什么软件做出来的
xujian 发表于 Post on 2021-1-20 09:03:01
sobereva 发表于 2021-1-20 04:58
我写过现成的
计算两个平面夹角的小程序
http://sobereva.com/302(http://bbs.keinsci.com/thread-1623- ...

谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2021-1-20 04:58:38
我写过现成的
计算两个平面夹角的小程序
http://sobereva.com/302http://bbs.keinsci.com/thread-1623-1-1.html
Novice 发表于 Post on 2021-1-19 20:26:40
嗯嗯,图形操作很方便,越做功能越丰富,好像新版必须要有序列号?我也没有下载最新版,不太清楚。
wzkchem5 发表于 Post on 2021-1-19 19:23:02
Novice 发表于 2021-1-19 15:04
选中位于一个平面上的至少三个原子,利用calculate菜单下面的plane功能产生一个平面,同样的步骤产生另一个 ...

原来真的可以这样做,我之前只在mercury里量过一个原子到一个平面的距离
Novice 发表于 Post on 2021-1-19 15:04:13
本帖最后由 Novice 于 2021-1-19 15:25 编辑

选中位于一个平面上的至少三个原子,利用calculate菜单下面的plane功能产生一个平面,同样的步骤产生另一个平面。然后将工具栏中的“picking mode"改为”measure Angles",点击产生的两个平面,即在图上显示出了两个面的夹角。下图是我随便产生的二苯甲烷的二面角:



评分 Rate

参与人数
Participants 3
eV +10 收起 理由
Reason
共和国面壁者 + 3 好东西
biogon + 5
王二葛 + 2 赞!

查看全部评分 View all ratings

ABetaCarw 发表于 Post on 2021-1-19 14:49:09
Novice 发表于 2021-1-19 14:41
你可以导出成xyz或者sdf格式,然后在Mercury中测量一下,Mercury的有些常用功能是免费的。

可以具体说说 什么模块能够做这种测量吗?

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
Novice + 1 见下帖

查看全部评分 View all ratings

Novice 发表于 Post on 2021-1-19 14:41:57
你可以导出成xyz或者sdf格式,然后在Mercury中测量一下,Mercury的有些常用功能是免费的。
granvia 发表于 Post on 2021-1-19 12:22:20
合理做法是:分别确定两个环的最小二乘平面的法向矢量(用Multiwfn好像可以做),然后求这两个法矢的点积的反余弦就得交角。
xujian 发表于 Post on 2021-1-19 12:08:43
paramecium86 发表于 2021-1-19 11:51
GaussView没法测量不具有2个共同原子的两个环的夹角。通用的方法就如楼上所说用到空间解析几何的方法
1.  ...

非常感谢
xujian 发表于 Post on 2021-1-19 12:07:01
王二葛 发表于 2021-1-19 11:28
既然无法用 GaussView 直接量角,那直接计算也不复杂。

计算方法是,1. 在这两个苯环上各选三个点,计算 ...

感谢回复
paramecium86 发表于 Post on 2021-1-19 11:51:55
GaussView没法测量不具有2个共同原子的两个环的夹角。通用的方法就如楼上所说用到空间解析几何的方法
1. 选取平面上三点得到平面方程 2. 根据平面方程可以求出两个平面二面角  


自己如果觉得算着麻烦,这里补充一下两个在线的计算器。可以借助下面两个在线的计算器得到夹角。

https://keisan.casio.com/exec/system/1223596129  输入三点坐标得到平面方程的 在线计算器  


https://onlinemschool.com/math/a ... rdinate/plane_angl/   根据两个平面方程求二面角的在线工具

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
ABetaCarw + 5 谢谢分享

查看全部评分 View all ratings

王二葛 发表于 Post on 2021-1-19 11:28:06
既然无法用 GaussView 直接量角,那直接计算也不复杂。

计算方法是,1. 在这两个苯环上各选三个点,计算出两个法向量,2. 求这两个法向量的夹角。(因为法向量的方向跟选取的三个点有关,所以二面角也可能是法向量夹角的补角。)

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 20:13 , Processed in 0.270581 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list