sobereva 发表于 2022-4-12 02:42
我不记得有什么网址
我只在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_ ...

好的，谢谢老师

xjw 发表于 2022-4-10 10:58
请问sob老师计算水的粘度的网址有吗，能发下嘛

我不记得有什么网址
我只在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里专门系统讲过

fwan1006 发表于 2021-3-16 15:20
感谢SOB老师！新出现了一个问题希望请教一下您。我还是在模拟异丁烷的粘度，体系大小是3000个异丁烷分子 ...

考虑做结果随cos-acceleration的外推
并且动力学跑时间长一些。比如几十ns，减少统计误差
结果还不好可尝试换力场

请问sob老师计算水的粘度的网址有吗，能发下嘛

fwan1006 发表于 2021-3-1 14:12
谢谢SOB老师，通过修改力场参数使得模拟体系的密度变得准确，在这样的情况下去模拟其粘度也能获得更准确 ...

不成立
密度对参数合理性的敏感性远不如粘度这种不容易算准的量敏感。而且对于形式简单的力场，原理上就难以做到对所有属性都能同时描述得很理想，因此对于单一属性优化参数不仅不一定会改进另一个属性，甚至还有可能劣化。

sobereva 发表于 2021-2-27 19:49
拓扑文件里体现了参数，这对结果可能产生极大影响

谢谢SOB老师，通过修改力场参数使得模拟体系的密度变得准确，在这样的情况下去模拟其粘度也能获得更准确的结果，请问这种说法成立吗？或者说逻辑上是正确的吗？

fwan1006 发表于 2021-2-27 11:37
谢谢Sob老师。
我看的那个文献里的流程是NVT - NPT - NVT来模拟计算粘度，我自己的模拟里，除了异丁烷的 ...

拓扑文件里体现了参数，这对结果可能产生极大影响

sobereva 发表于 2021-2-26 12:25
mdp参数设置、力场参数、用的模型，都可能显著影响粘度的结果，本来粘度就对参数很敏感。要和文献对比应当 ...

谢谢Sob老师。
我看的那个文献里的流程是NVT - NPT - NVT来模拟计算粘度，我自己的模拟里，除了异丁烷的盒子pdb文件，以及top文件和itp文件是我自己用工具生成的之外，这三步模拟的mdp文件我都是和文献里的参数一模一样的设置，但是结果却相差很多。

mdp参数设置、力场参数、用的模型，都可能显著影响粘度的结果，本来粘度就对参数很敏感。要和文献对比应当把这些条件尽量弄相同

体系从小到大可以做个结果的收敛性测试，直到确认盒子够大

snljty 发表于 2021-2-25 21:32
有可能版本问题，2018.4版已知周期扰动法有bug。换2018.8或者其他试试。

谢谢您啊，我也查到过，说是这个bug 2019版本已经修复了，我用的是2019.4的版本的

有可能版本问题，2018.4版已知周期扰动法有bug。换2018.8或者其他试试。