如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“molclus搜索过渡态结构的构象异构体”改了，以后务必注意

你的目的是搜索过渡态的各种异构体，我不知道你为什么用xtb跑退火，这和找过渡态没任何直接关系。而且xtb在MD过程中也无法把特定原子位置冻结。

如果molclus你是调用xtb跑的，并且在settings.ini设了freeze，则调用xtb时当前目录下应该会看到一个xtbinp文件，里面是冻结设定，注意看有无此文件。

这种问题正确过程是先用比如Gaussian搜索一个过渡态结构，保存为.xyz文件，然后用gentor产生各种构象的初始结构（反应部分的原子都是冻结在过渡态的结构）。然后再用molclus依次优化每个结构，而且模板文件里不是用常规的opt而是用opt(calcfc,TS,noeigen)，这样就会基于traj.xyz里每个结构作为初猜优化过渡态（如果你假定不同构象下的反应的原子部分结构几乎相同而在用molclus时冻结它们，在一定程度上也可接受）