请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
第9届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于4月17~20日于北京举办,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加和相互转告!

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 145|回复: 1

[molclus] molclus搜索过渡态结构的构象异构体求助

[复制链接]

38

帖子

0

威望

441

eV
积分
479

Level 3 能力者

发表于 2021-3-4 23:18:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
在看了sob老师的关于molclus的帖子后(http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html),我打算按照这个步骤找一个过渡态的构象异构体。如图1所示。我按照文中的步骤,先用multiwfn输出xyz文件,并且用xtb做了退火算法,温度为500K,将输出的xtb.trj改名为traj.xyz。打开molclus,除了上述帖子提到的需要更改的地方,我还在freeze关键词后加上了要冻结的原子(2,3,6-9),更改完settings后,用molclus优化每一帧,并且用isostat去重。拿出能量最低的结构后发现过渡态的反应坐标上的几个原子位置并没有冻结到,而是跑掉了,如图2所示。由于第一次使用,所以没有太明白,在此想请教一下大家我哪里有问题。

图2

图2

图1

图1

3万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65571

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 2021-3-4 23:23:52 | 显示全部楼层
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“molclus搜索过渡态结构的构象异构体”改了,以后务必注意

你的目的是搜索过渡态的各种异构体,我不知道你为什么用xtb跑退火,这和找过渡态没任何直接关系。而且xtb在MD过程中也无法把特定原子位置冻结。

如果molclus你是调用xtb跑的,并且在settings.ini设了freeze,则调用xtb时当前目录下应该会看到一个xtbinp文件,里面是冻结设定,注意看有无此文件。

这种问题正确过程是先用比如Gaussian搜索一个过渡态结构,保存为.xyz文件,然后用gentor产生各种构象的初始结构(反应部分的原子都是冻结在过渡态的结构)。然后再用molclus依次优化每个结构,而且模板文件里不是用常规的opt而是用opt(calcfc,TS,noeigen),这样就会基于traj.xyz里每个结构作为初猜优化过渡态(如果你假定不同构象下的反应的原子部分结构几乎相同而在用molclus时冻结它们,在一定程度上也可接受)

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395(已满),2号:466017436(已满)。3号:764390338(可加),合计8000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2021-4-15 08:05 , Processed in 0.209462 second(s), 27 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表