本帖最后由 angervlf 于 2023-7-11 04:57 编辑 牧生 发表于 2023-6-27 09:37 是的是的，感谢，sob大佬的那篇博文后面没有看，现在理解了 |
angervlf 发表于 2023-6-27 06:11 因为文献给出的参数不是标准的参数，所以要转化 |
lyj714 发表于 2021-3-12 12:22 我不太理解，gromacs软件里自带的amber力场不也是已经经过转化的嘛，用的也是C6和C12吧，为什么还要进行转化？ |
本帖最后由 牧生 于 2021-6-20 17:48 编辑 lyj714 发表于 2021-6-20 14:35  给大佬递冰可乐。问题解决了。我输入参数是没有问题的，gromos54a7_atb.ff里面，ffnonbonded.itp只有我输入的参数，先前有的铁参数，我已经删掉的。 真正的原因在NOTE里面提到了， NOTE 1 [file em.mdp]: You have set rlist larger than the interaction cut-off, but you also have verlet-buffer-tolerance > 0. Will set rlist using verlet-buffer-tolerance. 于是，将em.mdp里面，将金板适用的这两个0.9，改成1，结果就很正常了。 rcoulomb = 0.9 改成1 rvdw = 0.9 改成1 |
本帖最后由 lyj714 于 2021-6-20 14:39 编辑 牧生 发表于 2021-6-20 13:32 就是这个力场的原因啊，非要让我点出问题，我引导你看警告不是没有原因的，如果你做铁，还自己添加了铁的原子信息到ffnbonded.itp中中，肯定会有一个atomtype defined previously警告，这就已经体现了错误地方。明显这个力场中已经添加了有一个铁原子类型了，就在ffnobonded.itp中，自己睁大眼睛去看，注释掉所有关于原先这个铁的所有行，包括预先定义的非键参数那些行。 所以我一直都不提倡那些一遇到警告都不仔细看完，就添加什么-maxwarn去忽略的做法，简直害人不浅。有些警告是必须注意的 |
lyj714 发表于 2021-6-20 11:43 对比了一下铝板和铁板与水溶液接触的过程，唯一的区别在于，使用铁板的做em的时候，多了一个note， NOTE 1 [file em.mdp]: You have set rlist larger than the interaction cut-off, but you also have verlet-buffer-tolerance > 0. Will set rlist using verlet-buffer-tolerance. 其余的警告都是因为使用gromos54a7_atb.ff力场而出现的警告，这个忽略即可。 那么，可能问题出在这个note上面，这个该怎么解决呢？verlet-buffer-tolerance和rlist是自动设定的吗？ |
牧生 发表于 2021-6-20 11:30 我说了让你看警告信息的，你怎么就不看。这么对比没意义 |
lyj714 发表于 2021-6-20 11:24 相同的方法，相同的命令，做金板，铝板和酸性水溶液就完全没有一点问题。唯独做铁板，水分子那些就进入铁内部。 |
牧生 发表于 2021-6-19 21:57 应该是系统某些分子间非键参数有问题，不要忽略警告，看具体的关键性警告 |
sobereva 发表于 2021-3-13 06:03 大佬，请教一下，合理的参数可以使得金属只靠LJ势就维持住簇的状态，且在MD的过程中不跑散。 我目前做了个铁，CTAC，水合氢离子的水溶液接触，尽管铁没有跑散，但是其余的分子进入了铁晶胞内，这个能怎么解决啊。。 具体如下： 以ATB得到CTAB阳离子，水合氢离子的itp文件， atomtypes.atp里面已经有铁的原子量 FE 55.845 γ铁的参数（该参数来自10.1038/s41524-020-00478-1） 
按照培训班的教程，计算得到c6 c12的参数，并写入添加到ffnonbonded.itp里面 FE 26 0 0 A 0.01514608 2.2873928e-06 延展铁板 gmxeditconf -f FE.pdb -o FE_plate_box.gro -box 3.656 3.656 6 往真空部分加入2个CTAC和10个H3O+ gmx insert-molecules -f FE_plate_box.gro -ci CTAB.pdb -oout_box.gro -nmol 2 gmx insert-molecules -f out_box.gro -ci H3O.pdb -box 4 46 -o out_box2.gro -nmol 10 加水填满盒子 gmxsolvate -cp out_box2.gro -p topol.top -o FE_wat.gro 得到tpr gmx grompp -f em.mdp -c FE_wat.gro -p topol.top -o CTABa.tpr -maxwarn 80 加入反离子， gmx genion -s CTABa.tpr -p topol.top -o CTABb4em.gro -nname CL -nn 12 铁晶在盒子中间，隐藏水以后得到的图像如下，
能量最小化 gmxgrompp -f em.mdp -c CTABb4em.gro -p topol.top -o CTABb.tpr -maxwarn 80 gmxmdrun -deffnm CTABb -v -ntomp10 -ntmpi 1 -pinoffset 10 -gpu_id 0 铁晶体不再保持在盒子中央了，
隐藏水分子以后的图像如下
铁晶胞不在盒子中央，且非水的分子进入了铁晶体的内部。请教一下怎么解决啊。 使用的文件如下： 
npt.mdp
(842 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)
H3O.pdb
(660 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)
FE.pdb
(160.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
H3O.itp
(5.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)
em.mdp
(391 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)
CTAB.pdb
(6.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)
CTAB.itp
(18.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
topol.top
(502 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)
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lyj714 发表于 2021-6-17 10:55 好的，谢谢。这下子清晰明白了 |
牧生 发表于 2021-6-17 09:57 单位，gromacs用的是nm |
本帖最后由 牧生 于 2021-6-17 10:00 编辑 lyj714 发表于 2021-3-12 12:22 请问一下大佬，我用excel去推算你给这个txt的参数，从文本中抄过来的前三个参数，以Ag为例： >> DEBUG: 12-6 LJ parameters from [JPCC 2008,112,17281–17290]: metal r0 epsilon A B Ag 2.955 4.56 2021000 6072, Al 2.925 4.02 1577000 5035, Au 2.951 5.29 2307000 6987, For amber/charmm/cvff/oplsaa forcefield of gromacs: >> DEBUG: This article 12-6 LJ form: E = eps*[(r0/r)^12 - 2*(r0/r)^6] Convert it to below form for gromacs: E = 4*epsilon*[(sigma/r)^12 - (sigma/r)^6] That is, sigma = r0 * 2^(-1/6) #metal sigma(nm) epsilon(kJ/mol) Ag 0.263260571 19.079040000 Al 0.260587875 16.819680000 Au 0.262904212 22.133360000 我根据公式计算，大了十倍。
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不去重蹈 发表于 2021-3-12 14:46 不需要任何约束 合理的参数下自然而然就能靠LJ势维持住簇的状态 |
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