求助：lammps报错shake atoms missing

查看数: 11965 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2021-3-11 21:43

本帖最后由 paplika 于 2021-3-26 21:10 编辑 210326更新尝试将盒子设置的比水分子运动范围大一些，可以跑出结果。但从结果里面可以看出，有几个水分子会跑到石墨烯层的另一面，有水分子运动距离太大， ...

回复 Reply

panyongcai 发表于 Post on 2022-12-3 20:45:32

同学，后面这个问题解决了吗，如果解决了，是怎么解决的呢？我这里也有同样的问题，同一个模型，跑了100万步后才出现 shake atoms missing on proc.......

paplika 发表于 Post on 2021-3-26 21:01:08

Lacrimosa 发表于 2021-3-13 17:10
你的tcl脚本里只对水生成了键长键角，石墨烯呢？你可以先分开来尝试一下，先单独跑个水然后再单独跑石墨烯 ...

谢谢老师！我建的模型里面没有考虑石墨烯的成键，只是考虑石墨烯层为许多单个的碳原子这样。所以在tcl文件里没有写石墨烯相关语句。

paplika 发表于 Post on 2021-3-26 20:57:56

爱模拟的bao 发表于 2021-3-13 13:51
VMD不适应的话可以试试用msi2lmp导出来data文件。

谢谢建议！但是ms电脑上没有安装，所以可能没法用这个办法了。

Lacrimosa 发表于 Post on 2021-3-13 17:10:25

你的tcl脚本里只对水生成了键长键角，石墨烯呢？你可以先分开来尝试一下，先单独跑个水然后再单独跑石墨烯，看看是哪里出了问题。

爱模拟的bao 发表于 Post on 2021-3-13 13:51:58

VMD不适应的话可以试试用msi2lmp导出来data文件。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register