求助：lammps报错shake atoms missing

paplika

报错界面如图所示。
错误语句：ERROR on proc 0: Shake atoms 265 266 267 missing on proc 0 at step 11 (../fix_shake.cpp:546)
在手册里面查到的解释：The 3 atoms in a single shake cluster specified by the fix shake command are not all accessible to a processor. This probably means an atom has moved too far.以及在lammps邮件系统查到的可能错误是：
a) you did the unoverlapping procedure properly and successfully
b) you properly addressed the extreme high potential energy and pressure and abnormal density (which are most likely connected)
c) that your force field parameter assignment and topology data is accurate and consistent
d) that your simulation parameters are suitable for the system that you want to simulate.
目前已经用之前建模得到的data文件验证了in文件没有问题。应该是data文件的问题，但是不知道从何下手。还希望有大佬帮忙解答一下。
p.s. data文件是自己建模生成的1000个水分子+石墨烯底面；先用了packmol构建初步结构然后用vmd的tcl脚本添加了键角信息。附上了tcl脚本及截图

210326更新


尝试将盒子设置的比水分子运动范围大一些，可以跑出结果。但从结果里面可以看出，有几个水分子会跑到石墨烯层的另一面，有水分子运动距离太大，感觉问题还未解决。

爱模拟的bao

VMD不适应的话可以试试用msi2lmp导出来data文件。

Lacrimosa

你的tcl脚本里只对水生成了键长键角，石墨烯呢？ 你可以先分开来尝试一下，先单独跑个水然后再单独跑石墨烯，看看是哪里出了问题。

paplika

爱模拟的bao 发表于 2021-3-13 13:51
VMD不适应的话可以试试用msi2lmp导出来data文件。

谢谢建议！但是ms电脑上没有安装，所以可能没法用这个办法了。

paplika

Lacrimosa 发表于 2021-3-13 17:10
你的tcl脚本里只对水生成了键长键角，石墨烯呢？ 你可以先分开来尝试一下，先单独跑个水然后再单独跑石墨烯 ...

谢谢老师！我建的模型里面没有考虑石墨烯的成键，只是考虑石墨烯层为许多单个的碳原子这样。所以在tcl文件里没有写石墨烯相关语句。

panyongcai

同学，后面这个问题解决了吗，如果解决了，是怎么解决的呢？我这里也有同样的问题，同一个模型，跑了100万步后才出现 shake atoms missing on proc.......