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优化构型和结合能计算求助

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发布时间: 2021-3-17 14:11

正文摘要:

各位老师大家下午好。 问题1:如图中,我在做完优化后氮原子上的氢原子跑到磷酸根上面去了,这是因为什么原因? 问题2:那我在算结合能时,是以磷酸根为一个片段,还是以磷酸一氢根作为一个片段?

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hdhxx123 发表于 Post on 2021-4-15 18:24:29
yang2020 发表于 2021-4-15 18:18
请问老师,怎么写输入文件关键词来表示显式溶剂化

不是写关键词的事,而是要在外面整一圈溶剂分子(计算量会大大增加,但是是必需的)
简单地说,显式溶剂模型就是在体系中直接加入溶剂分子如乙腈、水等分析实现的溶剂模型,耗时高但对体系的模拟效果原理上相对更好,可以在论坛里搜“显式”看http://bbs.keinsci.com/thread-11253-1-1.htmlhttp://bbs.keinsci.com/thread-9147-1-1.html

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yang2020 发表于 Post on 2021-4-15 18:18:36
wzkchem5 发表于 2021-3-17 17:56
另外这种明显带电,尤其是带电中心很容易和溶剂形成氢键的体系,必须做显式溶剂化,否则结果完全不可信

请问老师,怎么写输入文件关键词来表示显式溶剂化
wzkchem5 发表于 Post on 2021-3-17 17:56:34
另外这种明显带电,尤其是带电中心很容易和溶剂形成氢键的体系,必须做显式溶剂化,否则结果完全不可信

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wzkchem5 发表于 Post on 2021-3-17 17:54:00
1. 因为磷酸根碱性太强了
2. 涉及化学键断裂的结合过程,一般就不叫结合能而叫反应能了。如果你要算反应能,应该以磷酸根为片段

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