acepype脚本报错

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发布时间: 2021-4-8 22:42

老师您好，我在服务器上使用脚本进行配体top文件生成时，出现以下报错：我返回查看了脚本发现存在几处包含/tmp/但是我的输入和路径中没有相关的内容。请问老师，这个脚本应该怎么修改才可以继续使用呢

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sobereva 发表于 Post on 2021-5-3 04:20:12

songyidan 发表于 2021-4-11 22:44
感谢老师，我换用了AMBER力场，还是出现这样的情况。请问老师，是否需要重新安装ambertool呢

根本不是换成AMBER力场能解决的事，仔细看我的回复
GAFF比AMBER力场更普适

songyidan 发表于 Post on 2021-4-11 22:44:46

感谢老师，我换用了AMBER力场，还是出现这样的情况。请问老师，是否需要重新安装ambertool呢

sobereva 发表于 Post on 2021-4-10 05:57:28

加上-d看更细节的报错提示试图分析原因。
一般无外乎输入文件有问题（成键关系特殊，或者有GAFF不适用的元素），这种情况马上就会报错。或者自动用半经验做结构优化、单点计算失败。

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