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[GROMACS] acepype脚本报错

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老师您好,我在服务器上使用脚本进行配体top文件生成时,出现以下报错:我返回查看了脚本发现存在几处包含/tmp/但是我的输入和路径中没有相关的内容。
请问老师,这个脚本应该怎么修改才可以继续使用呢

屏幕截图 2021-04-08 224207.png (21.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

屏幕截图 2021-04-08 224207.png

acepype.png (9.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

acepype.png

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发表于 Post on 2021-4-10 05:57:28 | 只看该作者 Only view this author
加上-d看更细节的报错提示试图分析原因。
一般无外乎输入文件有问题(成键关系特殊,或者有GAFF不适用的元素),这种情况马上就会报错。或者自动用半经验做结构优化、单点计算失败。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-11 22:44:46 | 只看该作者 Only view this author
感谢老师,我换用了AMBER力场,还是出现这样的情况。请问老师,是否需要重新安装ambertool呢

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发表于 Post on 2021-5-3 04:20:12 | 只看该作者 Only view this author
songyidan 发表于 2021-4-11 22:44
感谢老师,我换用了AMBER力场,还是出现这样的情况。请问老师,是否需要重新安装ambertool呢

根本不是换成AMBER力场能解决的事,仔细看我的回复
GAFF比AMBER力场更普适
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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