喵星大佬 发表于 2021-4-24 16:26 感谢 准备尝试一下 |
18217265596 发表于 2021-4-24 15:49 你这结构太大了，结构优化只能在def2-SVP, 6-31G(d,p), 6-31G(d)这几种基组下做，没什么太多选择。单点的话基组加大到def2-TZVP, 6-311G(d,p), def-TZVP等等也勉强能算。 合理的基组起点就是def2-SVP, 6-31G(d,p), 6-31G(d)这几种基组。 M062X/aug-cc-pVTZ算这个是搞笑的。看sob老师博文《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336 |
18217265596 发表于 2021-4-24 15:49 你这么大的体系mx6-2x/aug-cc-pvtz能算得动才有鬼。。。。。 先用xtb优化一下然后跑动力学吧，对于这种没有奇葩成键形式的分子xtb多半没啥问题 |
sobereva 发表于 2021-4-23 13:57 老师 其实是双链，只不过结构扭曲成这个样子了从侧面看像单链，之前因为在mx6-2x/aug-cc-pvtz下算一直没法收敛，所以考虑从小基组往大算。请问老师一个合理的起点和终点基组大概在哪个水平？（主要是起点） |
DoubeeTwT 发表于 2021-4-23 08:45 选择几个较稳定的含有P的构象 用Gaussian DFT优化看 结构是否变化明显 也可以 |
本帖最后由 lijiayisjtu 于 2021-4-23 19:29 编辑 DoubeeTwT 发表于 2021-4-23 08:45 谢谢老哥的提醒，我是刚看到 我看了眼问题 他是想探究P换成S之后体系是否还能稳定 我觉得就以为WT（含有P）的结构跑一段MD，让小分子运动，采集一些亚稳的状态，几个能量较低的构象，然后P替换成S，再同样地跑一段MD看看 就可以了 如果他用amber ，可以加载OL15 这样的DNA力场，去跑，对于换成S的话 ，就要重新构建力场 还是麻烦些 就像楼上的楼上说 用xTB基于原子的坐标 跑 就简单很多 不需要构建力场 https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/contents.html 最近科研忙 论坛看的少了 |
DoubeeTwT 发表于 2021-4-23 08:45 炼金术替换这个其实也不太行，两个state的自由能变化和稳定性没什么必然联系。 |
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PM6算这个完全是开玩笑，色散作用都描述不了，碱基之间pi-pi堆积完全不能体现，结构不离谱才怪。而且居然只用单链，什么都说明不了 最起码你先用你打算用的级别算原本的DNA，确保结果能满足你要求的能稳定存在的判据，再说替换元素之后的事 |
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单链吗？不考虑用双链计算吗？ 3’和5’之间本身就是用氢键相互作用的，你去除一边的链换成水溶液环境，那极性极端肯定会团缩在一起 而且PM6作为半经验算法也太low了一点，上精度你这个体系太大又算不动。 是不是应该分子动力学模拟，用热力学积分替换P->S这样会好一点。 我让我们实验室的师兄给你解答，他就是做这个DNA硫修饰计算的。 @lijiayisjtu |
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-22 20:34 编辑 18217265596 发表于 2021-4-22 20:11 首先，AIMD你这真的算不动。MD的准确分类看http://bbs.keinsci.com/thread-21981-1-1.html里sob老师的回答，其次，xtb就叫xtb，如果你实际计算的话可以叫gfn-xtb。见使用 Molclus 结合 xtb 做的动力学模拟对瑞德西韦 (Remdesivir) 做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532） 简单地说，显式溶剂模型就是在体系中直接加入溶剂分子如乙腈、水等分析实现的溶剂模型，耗时高但对体系的模拟效果原理上相对更好，可以在论坛里搜“显式”看http://bbs.keinsci.com/thread-11253-1-1.html和http://bbs.keinsci.com/thread-9147-1-1.html。 隐式溶剂模型是不具体描述溶质附近的溶剂分子的具体结构和分布，而是把溶剂环境简单地当成可极化的连续介质来考虑的。耗时很低，缺点是无法表现溶剂与溶质之间的强相互作用，如氢键。 博文是http://sobereva.com/327和http://sobereva.com/42 另外，对什么感兴趣可以直接在这里ctrl+f搜索 http://sobereva.com/list.html |
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喵星大佬 发表于 2021-4-22 15:20 您好，请问aimd推荐用什么软件计算？xbt的全称是什么？ 这方面学的不多 请多担待 |
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稳定性这么复杂的问题岂是优化一下就能知道的。。。。 在水里稳不稳定至少也要有显式水吧，跑AIMD才可能得到可靠的结果，但是这么大的体系AIMD还是。。。。。 不过用xtb倒是可以试试看先 |
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