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使用pdb2gmx构建聚合物top的问题

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哪有这么脆弱

发布时间: 2021-5-21 11:47

正文摘要:

各位老师好，我在学习使用pdb2gmx构建聚合物的top文件，先尝试构建交联度为3的pva的top文件，我把链分别分为中部，头部，尾部，在rtp中分三个部分构建，下面是我的rtp,pdb,和hdb文件。在构建过程中出现了这个报错， ...

回复 Reply

tjuptz 发表于 Post on 2021-12-27 14:53:59

刘铮12 发表于 2021-12-26 23:06
大佬，您现在会用pdb2gmx 生成聚合物top文件了吗，我自己定义了单体的rtp，可是pdb2gmx命令一直出警告 Re ...

实在搞不定就用楼上大佬的ztop工具或者社长提到的工具吧

刘铮12 发表于 Post on 2021-12-26 23:06:10

tjuptz 发表于 2021-5-22 21:55
对于初始结构的产生，除了反应的MD，目前看到的文献有通过随机算法生成的，也有通过启发式（就是边模拟边 ...

大佬，您现在会用pdb2gmx 生成聚合物top文件了吗，我自己定义了单体的rtp，可是pdb2gmx命令一直出警告 Residue 2 named MID of a molecule in the input file was mapped to entry in the topology database,but the atom C11 used in an interaction of type dihedrals in that entry is not found in the input files。但我的MID中都没有C11。只有键角项有

ggdh 发表于 Post on 2021-11-5 13:44:28

nianbin 发表于 2021-11-4 23:53
求分享

已经在论坛里面发布了，搜索ztop

nianbin 发表于 Post on 2021-11-4 23:53:25

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

求分享

tjuptz 发表于 Post on 2021-6-21 12:38:39

corei70715 发表于 2021-5-28 10:19
试了一下这个网站，还挺好用的，500原子的6聚体，40秒

我试了两个稍复杂的15聚体，一个很快报错，一个超时停止了。看来这工具对于复杂的还是不行。

tjuptz 发表于 Post on 2021-5-30 16:22:37

ggdh 发表于 2021-5-23 23:52
目前不能自动智能产生带有随机性聚合物，只能按照人工指定（几聚体，在哪里分支，在哪里交联）的方式产生 ...

这个是一篇文献里的交联聚酰胺模型，里面有几个亚单元，您可以选择性试试。

jp6b06560_si_001.rar (612.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

HZW 发表于 Post on 2021-5-29 16:00:29

sobereva 发表于 2021-5-29 00:21
有了聚合物的拓扑文件，自然就能和其它分子的拓扑文件结合起来跑复合物体系

I got it, thank you very much

sobereva 发表于 Post on 2021-5-29 00:21:08

HZW 发表于 2021-5-28 10:00
卢老师，我想问的是您说的这个只能单独跑聚合物体系，还是说能够和DNA加在一起来跑啊，因为我想单纯用聚 ...

有了聚合物的拓扑文件，自然就能和其它分子的拓扑文件结合起来跑复合物体系

corei70715 发表于 Post on 2021-5-28 10:19:45

tjuptz 发表于 2021-5-22 21:55
对于初始结构的产生，除了反应的MD，目前看到的文献有通过随机算法生成的，也有通过启发式（就是边模拟边 ...

试了一下这个网站，还挺好用的，500原子的6聚体，40秒

HZW 发表于 Post on 2021-5-28 10:00:48

sobereva 发表于 2021-5-21 17:27
我没时间仔细看。最近新出了一个叫pyPolyBuilder的gromacs跑聚合物类型体系的拓扑文件构建工具你可以看看J. ...

卢老师，我想问的是您说的这个只能单独跑聚合物体系，还是说能够和DNA加在一起来跑啊，因为我想单纯用聚合物来模拟大分子拥挤

tjuptz 发表于 Post on 2021-5-27 23:30:30

ggdh 发表于 2021-5-23 23:52
目前不能自动智能产生带有随机性聚合物，只能按照人工指定（几聚体，在哪里分支，在哪里交联）的方式产生 ...

不好意思老师，这两天东西不在手头，过两天贴在回复里。

ggdh 发表于 Post on 2021-5-23 23:52:14

本帖最后由 ggdh 于 2021-5-23 23:54 编辑

tjuptz 发表于 2021-5-22 23:00
同求发布，不知道对于交联聚合物或是分支聚合物适用性如何

目前不能自动智能产生带有随机性聚合物，只能按照人工指定（几聚体，在哪里分支，在哪里交联）的方式产生。并且得到的构象是固定的。
但是分支和交联没有问题，不过既然可以产生聚合物，那加载一个蒙特卡洛的链增长或者超支化的算法好像也能行。
。。。。不知道你有没有具体的例子，贴上来我先拿去试试看？

tjuptz 发表于 Post on 2021-5-22 23:00:09

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

同求发布，不知道对于交联聚合物或是分支聚合物适用性如何

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