使用pdb2gmx构建聚合物top的问题

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2021-5-21 11:47:14

各位老师好，我在学习使用pdb2gmx构建聚合物的top文件，先尝试构建交联度为3的pva的top文件，我把链分别分为中部，头部，尾部，在rtp中分三个部分构建，下面是我的rtp,pdb,和hdb文件。在构建过程中出现了这个报错，

这个意思是没有识别成功我的头部和尾部的部分吗？如何解决这个问题呀？
然后还有我自己命名的残基名在相关的.dat文件找不到，要自己去定义吗？
谢谢各位老师解答

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-21 17:27:52

我没时间仔细看。最近新出了一个叫pyPolyBuilder的gromacs跑聚合物类型体系的拓扑文件构建工具你可以看看J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 1539−1544

ggdh · 发表于 Post on 2021-5-21 17:58:23

1.把rtp文件拷贝到对应的力场文件夹下
2.修改residuetypes.dat 在其中加入你自己命名的残基名称
3. res名用三个字母的
4. rtp文件中还有其他各种错误。。。

ggdh · 发表于 Post on 2021-5-21 18:14:14

sobereva 发表于 2021-5-21 17:27
我没时间仔细看。最近新出了一个叫pyPolyBuilder的gromacs跑聚合物类型体系的拓扑文件构建工具你可以看看J. ...

我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边的东西好费功夫。但是不弄又不行。。。

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2021-5-21 20:16:25

sobereva 发表于 2021-5-21 17:27
我没时间仔细看。最近新出了一个叫pyPolyBuilder的gromacs跑聚合物类型体系的拓扑文件构建工具你可以看看J. ...

好的谢谢社长我去看看

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2021-5-21 20:16:54

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

谢谢老师我再去仔细检查检查，第一次做rtp文件

naoki · 发表于 Post on 2021-5-21 20:51:31

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

大神求分享

lyj714 · 发表于 Post on 2021-5-21 21:25:08

本帖最后由 lyj714 于 2021-5-21 21:27 编辑

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

其实做top这些都还是次要的，我想要的是能够构建初始较为合理的超大型聚合物，比如单链总原子数为30W左右的这种，就拿较为简单的聚乙烯来说，如果不考虑初始卷曲，单一的线性初始结构会导致巨长，此时涉及的gmx问题就很多了，比如gro格式文件坐标格式就要用变精度格式，并且从长直链->卷曲的这个过程如果单单靠力场来跑nvt也是非常的费时间的。

不知道大佬可否有个好的解决方案或者建模工具，charmm-gui那些工具都是不靠谱的，对于这种超聚合物根本建模不出来，还卡死。

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2021-5-21 22:54:42

各位老师，这是我修正过一些的rtp文件，我再residuetypes.dat中，加入了ETH ETB ETE，这三个残基名，放在了当前目录下但是还是出现这个报错

下面是pdb2gmx 中用到的gro文件

ggdh · 发表于 Post on 2021-5-21 23:08:47

lyj714 发表于 2021-5-21 21:25
其实做top这些都还是次要的，我想要的是能够构建初始较为合理的超大型聚合物，比如单链总原子数为30W左右 ...

因为聚合物的建立都是用片段构建起来的
如果你想要建立卷曲的超长聚乙烯
我能想到的方案，就是先弄一个弯曲的寡聚体。
然后把这个寡聚体作为重复单元继续扩大。
不知道你觉得如何？

ggdh · 发表于 Post on 2021-5-21 23:21:50

哪有这么脆弱发表于 2021-5-21 22:54
各位老师，这是我修正过一些的rtp文件，我再residuetypes.dat中，加入了ETH ETB ETE，这三个残基名，放在 ...

你先要确保gromacs读取的就是你改的这个residuetypes.dat
然后把poly 改成Protein
然后把你要加的部分放到文件开头

tjuptz · 发表于 Post on 2021-5-22 21:55:41

lyj714 发表于 2021-5-21 21:25
其实做top这些都还是次要的，我想要的是能够构建初始较为合理的超大型聚合物，比如单链总原子数为30W左右 ...

对于初始结构的产生，除了反应的MD，目前看到的文献有通过随机算法生成的，也有通过启发式（就是边模拟边根据设定的反应规则，比如距离甚至引入反应概率来更新top）不过没有公开代码的。自己也尝试过在李老师分段思路下，用gromacs边模拟边更新top，但总是报错，就放弃了。用lammps的话可以用polymatic，最近有学习，不过用起来感觉不是很方便的，还在学习。尤其对于加聚反应，如果用残基代替单体，生成初始超分子后还得考虑封端问题。
就手动建好的较小尺寸的聚合物top文件生成，日本人好像搞了个在线的工具http://polypargen.com/。不知道好不好用。

lyj714 · 发表于 Post on 2021-5-22 22:26:18

tjuptz 发表于 2021-5-22 21:55
对于初始结构的产生，除了反应的MD，目前看到的文献有通过随机算法生成的，也有通过启发式（就是边模拟边 ...

多谢，我也找过一些文献，看上去聚合反应的方式貌似不错，对于超聚合物能够产生不错的初始结构，我打算试一下看能否在gmx中实现。

tjuptz · 发表于 Post on 2021-5-22 22:43:40

lyj714 发表于 2021-5-22 22:26
多谢，我也找过一些文献，看上去聚合反应的方式貌似不错，对于超聚合物能够产生不错的初始结构，我打算试 ...

大佬出手，期待大作普惠我等。
简单分享下我的失败的思路。就是把所有的残基在一开始用pdb2gmx -merge all生成到一个molecule中去，然后根据距离判断可以成键的原子对，再把对应的bond pair angle dihedral improper更新到对应的section最后面。但是更新后经常报错。而且由于我写脚本功夫差劲，在判断成键并且下次判断时排除已经成键的这部分写的好像有问题。

tjuptz · 发表于 Post on 2021-5-22 23:00:09

ggdh 发表于 2021-5-21 18:14
我也做了个搞聚合物的top的工具，比这个好用，但是我看到他写的paper和完善的tutorial就头大，弄这些周边 ...

同求发布，不知道对于交联聚合物或是分支聚合物适用性如何

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