| 老师你好，我想请问一下如果用限制性AIMD并通过热力学积分法得到的沿着cv变化的能垒可以用来计算反应速率吗？体系是岩石表面与水层（显式溶剂30个水分子）的反应。并且只涉及水分子，cv的设置只涉及距离或者距离差。如果可以用来计算速率常数，需要注意那些问题。 |
| 谢谢老师 |
| 老师好，想问一下，有可引用过渡态理论的文献吗？ |
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好的好的 谢谢sob老师 |
Hamilton1758 发表于 2023-11-24 09:49 对 |
sobereva 发表于 2023-11-24 01:59 好的好的 谢谢老师 也就是说我们在高斯中计算出的能量等作为polyrate的输入信息 polyrate考虑SCT隧穿的时候会做计算 但是在能量中是不存在隧穿修正的吧 非常感谢 |
Hamilton1758 发表于 2023-11-23 20:35 势能面只有一个，顶多说成是计算TS附近的势能面上许多结构的信息 这不是在Gaussian这样的量子化学计算程序中所直接考虑的，Gaussian也不是直接计算k或透射系数的程序 |
sobereva 发表于 2018-7-24 14:14 老师 我想请问 在用Gaussian和polyrate进行考虑隧穿的速率常数的计算中 是否需要在高斯中考虑隧穿呢 比如在TS周围计算多个势能面 |
wzkchem5 发表于 2023-4-18 03:48 好嘞，谢谢老师  |
JCenter 发表于 2023-4-17 17:02 建议看一下Skodje-Truhlar方法和过渡态理论的原始文献，跟着推一遍，自然就会发现推导需要用到正向势垒大于0这个条件。如果正向势垒小于0，即使能算出数来，这个数也是缺乏物理意义的。 势垒小于0的情况，个人建议用AIMD等方法算，比AIMD粗糙的方法基本都需要假定势垒大于0 |
Dolantin 发表于 2022-11-24 17:17 大佬，正向势垒计算中带上隐式模型是指：在计算高精度单点能时，带上隐式溶剂模型，直接使用shermo程序计算得出的Sum of electronic energy and ZPE后的值做差吗 |
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本帖最后由 JCenter 于 2023-4-18 00:23 编辑 老师，我想请教您两个问题：1.如果透射系数用完整的Skodje-Truhlar方法，正向势垒计算值小于0，为什么k就不能用过渡态理论或者说用excel的表格就算了呢 2.如果正向势垒值小于0，可不可以用近似的Skodje-Truhlar方法呢，或者计算k时直接默认透射系数为1就好，我是用来比较两个反应的k值大小的。（ps附注:我的体系的自由能垒是大于0的，只是使用完整的Skodje-Truhlar方法计算透射系数时，发现正向势垒值小于0，导致完整的Skodje-Truhlar方法无法使用，但近似的Skodje-Truhlar方法是可以用的。） |
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sobereva 发表于 2023-4-17 03:00 谢谢sob老师的指导。 |
JCenter 发表于 2023-4-16 16:26 1 把反应复合物里A和B的结构作为各自的初始结构分别做优化、振动分析，然后算A和B的自由能 2 衡量从复合物状态发生反应的难易。但双分子反应的进行可能性显然应该拿双分子反应的k来说事，以A+B自由能之和作为参考态 |
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