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求助，关于集群上gromacs的mpi并行问题

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HONEYJ

发布时间: 2021-6-28 21:14

正文摘要:

本帖最后由 HONEYJ 于 2021-6-28 21:24 编辑各位老师好，我在集群上安装了gromacs的mpi版本，参照sob老师的帖子《GROMACS的安装方法》（bbs.keinsci.com/thread-11821-1-4.html）。cmake采用的时3.14，openmpi用 ...

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HONEYJ 发表于 Post on 2021-7-1 09:29:35

sobereva 发表于 2021-7-1 02:37
应该就是MPI库的问题，确保当前处于可用状态的MPI库和编译的时候是同一个MPI
也可以尝试换成其它MPI库重 ...

我试一下，谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2021-7-1 02:37:46

HONEYJ 发表于 2021-6-30 10:37
sob老师，单节点并行时出现的问题和跨节点效果是一样的。每一帧结果也是单独输出，不会输出在一个文件里 ...

应该就是MPI库的问题，确保当前处于可用状态的MPI库和编译的时候是同一个MPI
也可以尝试换成其它MPI库重新编译

HONEYJ 发表于 Post on 2021-6-30 10:37:18

本帖最后由 HONEYJ 于 2021-6-30 16:11 编辑

sobereva 发表于 2021-6-30 03:17
我对PBS不清楚，但大概率是并行不成功。你先试试在单个节点上用MPI版gmx能否正常并行

sob老师，单节点并行时出现的问题和跨节点效果是一样的。每一帧结果也是单独输出，不会输出在一个文件里面。

HONEYJ 发表于 Post on 2021-6-30 10:19:43

abin 发表于 2021-6-28 22:55
我说的，你也没有完全测试呀……

这是要大家猜谜语呀……

老师，您好，不存在这个冲突。如果不加mdrun的话，任务跑不起来。

sobereva 发表于 Post on 2021-6-30 03:17:24

HONEYJ 发表于 2021-6-29 09:21
嗯，是的，sob老师。抱歉在主贴没有说清楚，还请sob老师能够指点一二。

我对PBS不清楚，但大概率是并行不成功。你先试试在单个节点上用MPI版gmx能否正常并行

HONEYJ 发表于 Post on 2021-6-29 09:21:41

sobereva 发表于 2021-6-29 05:34
你是要跨节点并行？

嗯，是的，sob老师。抱歉在主贴没有说清楚，还请sob老师能够指点一二。

sobereva 发表于 Post on 2021-6-29 05:34:39

你是要跨节点并行？

abin 发表于 Post on 2021-6-28 22:55:59

HONEYJ 发表于 2021-6-28 22:23
您好，非常感谢您的回复。命令是照着帖子里sob老师写的，尝试过设置np=48，还是出现一样的问题。

我说的，你也没有完全测试呀……

这是要大家猜谜语呀……

HONEYJ 发表于 Post on 2021-6-28 22:23:20

abin 发表于 2021-6-28 21:45
mpirun -np XXX
与 mdrun 是否冲突？

您好，非常感谢您的回复。命令是照着帖子里sob老师写的，尝试过设置np=48，还是出现一样的问题。

abin 发表于 Post on 2021-6-28 21:45:11

mpirun -np XXX
与 mdrun 是否冲突？

暂时手动设定 mpirun -np 48如何？

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