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[GROMACS] 求助,关于集群上gromacs的mpi并行问题

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本帖最后由 HONEYJ 于 2021-6-28 21:24 编辑

各位老师好,我在集群上安装了gromacs的mpi版本,参照sob老师的帖子《GROMACS的安装方法》(bbs.keinsci.com/thread-11821-1-4.html)。cmake采用的时3.14,openmpi用的3.0在提交脚本做计算时遇到了下面两个问题,还请各位大大能够答疑解惑。
1、集群队列显示加载的cpu核数严重超出了节点的核数,节点实际可用24个核,加载显示几百个。图中node21和node23。

2、计算结果的每一帧都是单独输出的,会覆盖之前的输出结果,不像单机版上的是输出在一个(xtc,edr,log)文件中。

下面是我的pbs脚本
gmx.pbs (446 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 18)








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发表于 Post on 2021-6-28 21:45:11 | 只看该作者 Only view this author
mpirun -np XXX
与 mdrun 是否冲突?

暂时手动设定 mpirun -np 48如何?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-28 22:23:20 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2021-6-28 21:45
mpirun -np XXX
与 mdrun 是否冲突?

您好,非常感谢您的回复。命令是照着帖子里sob老师写的,尝试过设置np=48,还是出现一样的问题。

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发表于 Post on 2021-6-28 22:55:59 | 只看该作者 Only view this author
HONEYJ 发表于 2021-6-28 22:23
您好,非常感谢您的回复。命令是照着帖子里sob老师写的,尝试过设置np=48,还是出现一样的问题。

我说的,你也没有完全测试呀……

这是要大家猜谜语呀……
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发表于 Post on 2021-6-29 05:34:39 | 只看该作者 Only view this author
你是要跨节点并行?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-29 09:21:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-29 05:34
你是要跨节点并行?

嗯,是的,sob老师。抱歉在主贴没有说清楚,还请sob老师能够指点一二。

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发表于 Post on 2021-6-30 03:17:24 | 只看该作者 Only view this author
HONEYJ 发表于 2021-6-29 09:21
嗯,是的,sob老师。抱歉在主贴没有说清楚,还请sob老师能够指点一二。

我对PBS不清楚,但大概率是并行不成功。你先试试在单个节点上用MPI版gmx能否正常并行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-30 10:19:43 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2021-6-28 22:55
我说的,你也没有完全测试呀……

这是要大家猜谜语呀……

老师,您好,不存在这个冲突。如果不加mdrun的话,任务跑不起来。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-30 10:37:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HONEYJ 于 2021-6-30 16:11 编辑
sobereva 发表于 2021-6-30 03:17
我对PBS不清楚,但大概率是并行不成功。你先试试在单个节点上用MPI版gmx能否正常并行

sob老师,单节点并行时出现的问题和跨节点效果是一样的。每一帧结果也是单独输出,不会输出在一个文件里面。

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发表于 Post on 2021-7-1 02:37:46 | 只看该作者 Only view this author
HONEYJ 发表于 2021-6-30 10:37
sob老师,单节点并行时出现的问题和跨节点效果是一样的。每一帧结果也是单独输出,不会输出在一个文件里 ...

应该就是MPI库的问题,确保当前处于可用状态的MPI库和编译的时候是同一个MPI
也可以尝试换成其它MPI库重新编译
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-1 09:29:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-1 02:37
应该就是MPI库的问题,确保当前处于可用状态的MPI库和编译的时候是同一个MPI
也可以尝试换成其它MPI库重 ...

我试一下,谢谢社长

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