sobereva 发表于 2021-7-8 12:07
没法直接用isostat处理xtb跑动力学的轨迹，因为每一帧结构都是不同的，isostat同时考虑能量和结构的差异性 ...

明白了，谢谢老师。

wzkchem5 发表于 2021-7-8 00:19
可以用xtb的能量去掉能量最高的那些结构。
而且snapshot不至于很多吧，得注意不是轨迹里的每一帧都要分 ...

明白了，谢谢老师。

没法直接用isostat处理xtb跑动力学的轨迹，因为每一帧结构都是不同的，isostat同时考虑能量和结构的差异性来去重。因此必须用molclus调用xtb对轨迹每隔一定帧数优化一次，然后再用isostat初筛，和我帖子里molclus做瑞德西韦的构象搜索的过程是一样的

不要高估GFN-xTB算过渡金属以不同方式结合的精度。对于存在能量相差不悬殊的构型/构象的情况，GFN-xTB算的能量的准确度只够产生一个候选列表，之后还是得用molclus调用Gaussian或ORCA对结构依次用DFT优化，然后最好再用更高一级级别依次算能量再最终排序

geyichao 发表于 2021-7-7 16:34
谢谢老师回复，但xtb跑出来的snapshot过多，我可否用isostat去重，同时根据玻尔兹曼分布取前0.5%进行DFT ...

可以用xtb的能量去掉能量最高的那些结构。
而且snapshot不至于很多吧，得注意不是轨迹里的每一帧都要分析，可以比如说跑10000步，隔100帧取一个snapshot，得到100个snapshot，分别用xtb优化，再比能量。如果去重了还能取出前0.5%（也就是还有至少200个snapshot），那说明你取得太多了。

wzkchem5 发表于 2021-7-7 22:32
可以用xtb跑动力学，但是跑完以后，建议用DFT优化snapshot的结构，并在至少DFT级别下算单点能，用这个能量 ...

谢谢老师回复，但xtb跑出来的snapshot过多，我可否用isostat去重，同时根据玻尔兹曼分布取前0.5%进行DFT优化和单点能计算？老师提到xtb计算的能量不可靠，但用来比较大小应该问题不大吧？

可以用xtb跑动力学，但是跑完以后，建议用DFT优化snapshot的结构，并在至少DFT级别下算单点能，用这个能量来比较。xtb可以大体确保把重要的构象都遍历到，但是能量不够可靠。
如果没有电子转移，自旋多重度就是1。