中间贴一层openbabel把mol转成smiles

ShangChien 发表于 2021-11-5 12:46
从祖传脚本中发现了更简单的方法，无需使用openbabel中间转换。具体方法为修改GassianView转换得到的*.mol ...

这个方法不是100%可以成功，具体看楼下讨论

ShangChien 发表于 2021-11-18 11:28
我试了一下你的结构，确实无法成功。很抱歉没有提供完美的方法。刚找到这段代码的时候只是测试了一个分子 ...

感谢回复，对比gaussview和rdkit输出的mol其实可以发现有很多不同点，目前不明确mol文件所有参数的含义，后续有进展我再跟进

ShangChien 发表于 2021-11-5 12:46
从祖传脚本中发现了更简单的方法，无需使用openbabel中间转换。具体方法为修改GassianView转换得到的*.mol ...

我试了一下，这个方法好像不适合我的结构

ShangChien 发表于 2021-11-5 12:46
从祖传脚本中发现了更简单的方法，无需使用openbabel中间转换。具体方法为修改GassianView转换得到的*.mol ...

如果有小伙伴使用了Pathlib文件系统来传递mol文件的路径，那么Chem.MolFromMolFile(path)会报错。因为这个接口仅支持字符串https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2923
解决办法也很简单：

1. Chem.MolFromMolFile(str(path))

复制代码

or

1. Chem.MolFromMolFile(path.as_posix())

复制代码

从祖传脚本中发现了更简单的方法，无需使用openbabel中间转换。具体方法为修改GassianView转换得到的*.mol文件：
将第四行最后的三个“0”修改为“0999 V2000”

修改前：

1. s0 opt
   
2. 
   
3. Created by GaussView 6.0.16
   
4. 60 63  0  0  0  0  0  0  0  0  0    0

复制代码

修改后：

1. s0 opt
   
2. 
   
3. Created by GaussView 6.0.16
   
4. 60 63  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   
5.     0.0176   -1.3872   -0.0099 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   
6. ......

复制代码

然后就可以完美使用rdkit中的Chem.MolFromMolFile("*.mol")
撒花

doublezhang 发表于 2021-7-16 16:53
中间贴一层openbabel把mol转成smiles

谢谢回复，我暂时确实也是这么做的，但是这会失去部分三维的坐标信息。期待开发组吧！