RDkit是否支持读取gaussian_view产生的mol文件？

ShangChien · 发表于 Post on 2021-7-16 09:30:13

最近在搞分子高通量筛选的工作，刚刚接触rdkit这个工具，网络教程里都明确说支持mol文件的读取，但是我实操下来发现，rdkit读不了gaussian_view产生的mol文件，能读取chemdraw产生的mol文件。仔细对比发现，这两种程序产生的mol文件内容格式是一样的，数值有细微不同，高斯产生的mol文件的坐标是三维立体的，而chemdraw的mol是二维平面的。所以是不是rdkit不支持gaussian_view产生的这种三维mol文件? 探过路大佬请多多指点一下，谢谢！

doublezhang · 发表于 Post on 2021-7-16 16:53:42

中间贴一层openbabel把mol转成smiles

ShangChien · 发表于 Post on 2021-11-18 12:14:42

ShangChien 发表于 2021-11-5 12:46
从祖传脚本中发现了更简单的方法，无需使用openbabel中间转换。具体方法为修改GassianView转换得到的*.mol ...

这个方法不是100%可以成功，具体看楼下讨论

ShangChien · 发表于 Post on 2021-7-20 15:47:41

doublezhang 发表于 2021-7-16 16:53
中间贴一层openbabel把mol转成smiles

谢谢回复，我暂时确实也是这么做的，但是这会失去部分三维的坐标信息。期待开发组吧！

ShangChien · 发表于 Post on 2021-11-5 12:46:25

本帖最后由 ShangChien 于 2021-11-5 12:59 编辑

从祖传脚本中发现了更简单的方法，无需使用openbabel中间转换。具体方法为修改GassianView转换得到的*.mol文件：
将第四行最后的三个“0”修改为“0999 V2000”

修改前：

s0 opt
Created by GaussView 6.0.16
60 63 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

复制代码

修改后：

s0 opt
Created by GaussView 6.0.16
60 63 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
0.0176 -1.3872 -0.0099 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
......

复制代码

然后就可以完美使用rdkit中的Chem.MolFromMolFile("*.mol")
撒花

ShangChien · 发表于 Post on 2021-11-5 12:58:15

本帖最后由 ShangChien 于 2021-11-8 10:38 编辑

ShangChien 发表于 2021-11-5 12:46
从祖传脚本中发现了更简单的方法，无需使用openbabel中间转换。具体方法为修改GassianView转换得到的*.mol ...

如果有小伙伴使用了Pathlib文件系统来传递mol文件的路径，那么Chem.MolFromMolFile(path)会报错。因为这个接口仅支持字符串https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2923
解决办法也很简单：

Chem.MolFromMolFile(str(path))

复制代码

or

Chem.MolFromMolFile(path.as_posix())

复制代码

hdb · 发表于 Post on 2021-11-17 20:08:09

ShangChien 发表于 2021-11-5 12:46
从祖传脚本中发现了更简单的方法，无需使用openbabel中间转换。具体方法为修改GassianView转换得到的*.mol ...

我试了一下，这个方法好像不适合我的结构

ShangChien · 发表于 Post on 2021-11-18 11:28:17

本帖最后由 ShangChien 于 2021-11-18 11:29 编辑

hdb 发表于 2021-11-17 20:08
我试了一下，这个方法好像不适合我的结构

我试了一下你的结构，确实无法成功。很抱歉没有提供完美的方法。刚找到这段代码的时候只是测试了一个分子，所以也没有使用这种方法替换openbabel更新到自己的代码中（懒，怕出问题，果然有问题）。
我刚刚随机测试了一下，有的分子是可以的，有的不行。我暂时没有发现成功的规律，不过我可以提供一下我的测试代码和文件，期待后续有前辈能解决一下。

test.rar (72.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

hdb · 发表于 Post on 2021-11-19 11:58:57

ShangChien 发表于 2021-11-18 11:28
我试了一下你的结构，确实无法成功。很抱歉没有提供完美的方法。刚找到这段代码的时候只是测试了一个分子 ...

感谢回复，对比gaussview和rdkit输出的mol其实可以发现有很多不同点，目前不明确mol文件所有参数的含义，后续有进展我再跟进

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