求助gromacs模拟甲醇盒子报错

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发布时间: 2021-8-6 16:40

刚接触gromacs，我的课题是做小分子的气液平衡，就想拿甲醇先练手，按照sob老师（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）教程里面现成的甲醇盒子pdb文件，opls-aa力场自带甲醇的itp，include进去之后如图，op ...

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wangaogui 发表于 Post on 2021-8-9 14:18:15

sobereva 发表于 2021-8-6 22:41
完全不需要用pdb2gmx

top的内容和结构文件对应就行了，小分子构成的体系直接手写top，用pdb2gmx完全多此 ...

感谢sob老师，今天再试试

sobereva 发表于 Post on 2021-8-6 22:41:52

完全不需要用pdb2gmx

top的内容和结构文件对应就行了，小分子构成的体系直接手写top，用pdb2gmx完全多此一举、徒增麻烦

第二个include里//改成/

sobereva 发表于 Post on 2021-8-6 22:24:12

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的过于含糊的标题“求助gromacs”改了，以后务必注意

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