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[GROMACS] 求助gromacs模拟甲醇盒子报错

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刚接触gromacs,我的课题是做小分子的气液平衡,就想拿甲醇先练手,按照sob老师http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html)教程里面现成的甲醇盒子pdb文件,opls-aa力场自带甲醇的itp,include进去之后如图,opls-aa力场里的aminoacids.rtp也在最后把甲醇加进去了,甲醇分子在rtp,itp等文件里面统一叫meth,但是输入gmx pdb2gmx -f methanol-box.pdb -p methanol.top -o meth.gro之后还是显示Fatal error:Residue '' not found in residue topology database

请问是哪里出了错,这种非蛋白质体系的建立应该是个什么步骤

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发表于 Post on 2021-8-6 22:24:12 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的过于含糊的标题“求助gromacs”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-6 22:41:52 | 只看该作者 Only view this author
完全不需要用pdb2gmx

top的内容和结构文件对应就行了,小分子构成的体系直接手写top,用pdb2gmx完全多此一举、徒增麻烦

第二个include里//改成/
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-9 14:18:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-6 22:41
完全不需要用pdb2gmx

top的内容和结构文件对应就行了,小分子构成的体系直接手写top,用pdb2gmx完全多此 ...

感谢sob老师,今天再试试

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