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求助：gmx_hbond命令输出氢键数第三列的意义

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scphoy

发布时间: 2021-9-2 14:53

正文摘要:

请问用gmx hbond输出氢键数目（-num），第二列表示的是氢键数目，而第三列显示的是Pairs within 0.35nm，只是满足距离标准的氢键数吗？氢键若只满足距离标准而不满足角度标准，又能说明什么呢？我不太明白这一列的具 ...

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scphoy 发表于 Post on 2021-9-4 15:12:07

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2021-9-4 02:25:41

scphoy 发表于 2021-9-3 22:47
那个老师，我在网上又看了一下，说氢键是一种特殊的偶极—偶极相互作用，所以我在想就是0.35nm内的氢键数 ...

这种说法明显不靠谱，根本不能抓住本质。绝对不要用偶极-偶极这种错误的图像来说氢键，不要文献里说什么就信什么。诸如H2O和F-可以形成挺强的带电荷氢键，而F-本来电子密度就是球对称的，哪来的偶极？（姑且忽略掉极化作用）
普通强度的氢键的本质在于氢带正电荷，而氢键受体是Lewis碱，带负电荷，二者之间有不小的静电吸引作用。根本就不需要强调“偶极”

更多信息看
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

scphoy 发表于 Post on 2021-9-3 21:38:52

好的，老师

sobereva 发表于 Post on 2021-9-3 13:18:36

scphoy 发表于 2021-9-3 07:23
谢谢老师，不过如果在某种条件下，实际氢键数减小，而在0.35nm内的氢键数增加，可否认为是偶极—偶极相互 ...

没直接关系。你可以考察下氢键键角分布发生了什么变化

scphoy 发表于 Post on 2021-9-3 07:23:54

sobereva 发表于 2021-9-3 01:19
距离在0.35nm不考虑氢键键角判据的氢键数
实际意义不大

谢谢老师，不过如果在某种条件下，实际氢键数减小，而在0.35nm内的氢键数增加，可否认为是偶极—偶极相互作用的增加？

sobereva 发表于 Post on 2021-9-3 01:19:47

距离在0.35nm不考虑氢键键角判据的氢键数
实际意义不大

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