sobereva 发表于 2020-5-20 02:13 好的，谢谢sob老师，我学习一下这个再试试看。 |
fncca 发表于 2020-5-19 14:34 怎么正确地算自由能，看 使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据 http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html） 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html） 该考虑溶剂效应要考虑溶剂效应 B3LYP/6-31G*算的电子能量太垃圾，无法接受 |
indec 发表于 2020-5-19 16:51 哦哦，是这个样子，那我再学习一下这些要怎么计算，实在是太谢谢您啦~ |
fncca 发表于 2020-5-19 16:09 产率和自由能的关系并没有那么绝对，你还得考虑过渡态能量，中间态，能垒等因素。 |
thanhtam 发表于 2020-5-19 15:43 谢谢您的回答，下方是我的数据，很奇怪的是正常来说不是应该能量越低产率越高吗？但我这个异构体-1的能量要比异构体-2的能量低，可产率却也是很低的，请问是我计算的有问题吗？ 
|
本帖最后由 thanhtam 于 2020-5-19 15:46 编辑 fncca 发表于 2020-5-19 15:26 小数点后第三位并不小。0.001Hartree = 0.6kcal/mol，如果是几个kcal的差别算是比较大了。没有具体数据、计算级别没法说。 |
thanhtam 发表于 2020-5-19 14:55 谢谢您，不过还是想问一下，您说的吉布斯自由能是这个值吗？但我体系这对顺反异构这个值也几乎相同，只有小数点后三位的差距，但他们的产率真的相差非常大，我还应该计算哪些参数才能说明这种产率上的差异呢？
|
fncca 发表于 2020-5-19 14:34 Gibbs自由能 |
sobereva 发表于 2016-1-7 22:38 sob老师您好，请问您所说的第四步“计算自由能”具体指的是什么自由能呢？因为我现在也在算一个顺反异构，与楼主一样，能量几乎一致，都没有虚频，但他们的实际产率是天差地别的，我想找一下这个原因，但因为自己也是小白一个，不知道从哪下手，还望sob老师赐教。 |
sobereva 发表于 2016-1-10 23:42 明白了，谢谢老师！ |
万卷书万里路 发表于 2016-1-10 20:16 fchk文件用基态优化还是之后激发态计算产生的无所谓，里面的轨道信息都一样，都是基态极小点结构下的基态的轨道。 NTO和electron-hole分析完全是两回事。看NTO图形的时候必须用写了pop=saveNTO的激发态计算的fchk文件。 |
sobereva 发表于 2016-1-9 16:17 恩，谢谢老师！ 那请问老师，看hole、electron图时必须提供激发态的输出文件，同时也先需要fchk文件吧，这个fchk文件是激发态输出文件转的还是基态优化得到的输出文件转的？ 另外，比如说，我如果要分析某激发态的跃迁种类，如果NTO分析后某轨道对占百分之九十多，觉得可以用这一对轨道之间的跃迁来描述，我要看fchk文件，看这对轨道，这个时候获取分子轨道图的fchk文件是取优化基态的log文件转成的fchk文件，还是看激发态输出文件转成的fchk文件呢？ |
万卷书万里路 发表于 2016-1-9 10:42 看分子轨道必须用fchk，看hole、electron图形还得同时提供电子激发计算的输出文件 至于fchk是单点计算来的还是几何优化来的，看你的要求 |
sobereva 发表于 2016-1-8 17:59 老师，在用Multiwfn看hole、electron分布图和所有要看分子轨道图的时候都是要用优化好的基态的输出文件（或fchk）文件吗？ |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-22 03:43 , Processed in 0.251416 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites