上个月有一篇计算12碳环与碱金属和卤素离子的mdpi文章拿ωB97XD/6-31+G(d,p)优化完结构，把GaussView显示的效果截图一贴就说"The nanoring consists of alternating double and triple bonds"，被人在Pubpeer上评论了。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-15 14:46
有两个互不相关的问题值得讨论一下：
1. 在http://sobereva.com/82提到有些有限尺寸石墨烯片段的基态是自 ...

1 取决于研究什么。对于用簇模型研究吸附问题，当闭壳层还是开壳层计算没什么差异

2 是。CCSD优化很稳，即便有一些静态相关也能对付。MP2优化在如今看来毫无用处，比普通泛函更贵（尤其是之后做振动分析验证有无虚频的时候更贵得多得多，做RI-MP2常用的ORCA还没有MP2的解析Hessian），比起恰当选择的普通泛函又没什么优势。真愿意花MP2的计算代价的话不如用更理想的双杂化优化

有两个互不相关的问题值得讨论一下：
1. 在http://sobereva.com/82提到有些有限尺寸石墨烯片段的基态是自旋极化单重态，这样的话此类片段能真实表现无限延展的石墨烯的吸附行为（尤其是针对基态O2、NOx、水合过渡金属离子等开壳层物种）吗？如果不能，构建簇模型时有没有什么考虑能确保石墨烯片基态是闭壳层的？（最简单的想法是类似这个帖说的，六元环应当完整、碳原子数应当为偶数、至少能画出一个纯粹单双键交替而无自由基的共振式以避免搞出Non-Kekulé分子，但这些应该只是必要不充分条件。）
2. 如果想在比普通DFT泛函更高的级别下做几何优化，面对静态相关不强、HF波函数定性准确的情形，CCSD是一般值得推荐的后HF方法吗？还是说此处用CCSD是因为Gaussian有其解析梯度？另一边，MP2（或者RI-MP2）在几何优化上表现又如何？

sobereva 发表于 2025-2-27 13:45
石墨烯是指单层石墨，不可能有cif文件
自行把石墨晶体结构中只保留一层就完了

好的，谢谢sob老师

大头攒毛 发表于 2025-2-27 10:18
请问一下，石墨烯的.cif文件在哪里可以下载？谢谢大家

石墨烯是指单层石墨，不可能有cif文件
自行把石墨晶体结构中只保留一层就完了

请问一下，石墨烯的.cif文件在哪里可以下载？谢谢大家

LittlePupil 发表于 2024-11-12 23:36
对于这种情况，理论上不应该存在虚频，因为优化和振动分析的冻结设定是一致的。

确实，有虚频可以消掉

nirvana 发表于 2024-11-12 09:27
对于这种情况，Gibbs热力学校正时虚频要做特殊的处理？还是直接用“Thermal correction to Gibbs Free En ...

对于这种情况，理论上不应该存在虚频，因为优化和振动分析的冻结设定是一致的。

LittlePupil 发表于 2023-3-28 16:03
感谢sob老师的回复，但如果要考虑两个片段结合过程中的自由能变，应该是要保证对片段和复合物进行振动分 ...

对于这种情况，Gibbs热力学校正时虚频要做特殊的处理？还是直接用“Thermal correction to Gibbs Free Energy=” 后面的值？

LittlePupil 发表于 2023-3-28 16:03
感谢sob老师的回复，但如果要考虑两个片段结合过程中的自由能变，应该是要保证对片段和复合物进行振动分 ...

是

sobereva 发表于 2023-3-28 04:44
优化时怎么冻结，振动分析就怎么冻结

感谢sob老师的回复，但如果要考虑两个片段结合过程中的自由能变，应该是要保证对片段和复合物进行振动分析时冻结设定一致的吧？这时是不是应该在对优化好的石墨烯片段进行振动分析时冻结相应原子？

LittlePupil 发表于 2023-3-27 22:26
请问sob老师，对复合物结构进行振动分析时是否需要删除冻结设定？或者为了和真实的物理模型贴近，应该在对 ...

优化时怎么冻结，振动分析就怎么冻结

请问sob老师，对复合物结构进行振动分析时是否需要删除冻结设定？或者为了和真实的物理模型贴近，应该在对优化好的石墨烯片段进行振动分析时冻结相应原子？

sobereva 发表于 2021-10-28 12:02
之前忘上传了。已上传

谢谢老师