libo371324 发表于 2021-9-22 15:15
但是老师，我这里有个问题想问一下，优化输出log文件，转成gjf文件，加入关键词pop=NPA(不再进行优化)， ...

搞清楚输入朝向和标准朝向的差异，仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

NPA电荷不受朝向影响。拟合静电势电荷由于拟合点的分布原因，可能轻微受朝向的影响，但只要拟合点足够多这就不是问题。

libo371324 发表于 2021-9-22 08:15
但是老师，我这里有个问题想问一下，优化输出log文件，转成gjf文件，加入关键词pop=NPA(不再进行优化)， ...

只要你的分子只是整体取向变了，结构本身没变，那么电荷就是有意义的，因为NPA电荷与分子取向无关

sobereva 发表于 2021-9-21 10:36
你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview ...

但是老师，我这里有个问题想问一下，优化输出log文件，转成gjf文件，加入关键词pop=NPA(不再进行优化)，这样第二次输出的log文件会与第一次的log文件中的坐标出现上述问题，那我计算的NPA电荷是不是具有意义？

sobereva 发表于 2021-9-21 10:36
你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview ...

老师，我知道原因了，是我自己的问题，我将优化输出 log文件转成gjf文件，又放到高斯里面计算其他的东西，这样导出的chk文件和转化的fchk文件就和原输出的log文件的坐标有了差异，麻烦了，老师！

sobereva 发表于 2021-9-21 10:36
你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview ...

老师，我是用chk文件从超算上转的fchk文件，fchk和chg的坐标一样，但是和log文件里面的坐标不一样，转化过程中出问题了吗，log文件和chk文件已上传

libo371324 发表于 2021-9-21 08:56
文件已上传

你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview用atom list editor看的坐标



应该你是哪里搞错了

sobereva 发表于 2021-9-19 04:49
上传给RESP计算脚本用的输入文件

文件已上传

上传给RESP计算脚本用的输入文件

sobereva 发表于 2021-9-18 13:10
chg里的坐标明明就是标准朝向下的坐标
怀疑你是不是看串列了

x轴的坐标倒是对，yz轴坐标是反的，正负号不一样

chg里的坐标明明就是标准朝向下的坐标
怀疑你是不是看串列了

扫了一下没看出来和标准取向的有什么差别...脚本的第二步Geom=Allcheck读的应该是优化后最后一步的标准取向。所以最后输出也是标准取向。