计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4865|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 求助:Multiwfn计算RESP电荷有疑惑

[复制链接 Copy URL]

60

帖子

0

威望

576

eV
积分
636

Level 4 (黑子)

本帖最后由 libo371324 于 2021-9-22 10:56 编辑

使用fchk文件计算RESP电荷时,输出的chg文件中的坐标和log文件中的输入朝向和标准朝向的坐标都不一样,为什么会出现这种情况。附优化的最后朝向坐标截图

log文件输入朝向.png (72.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

log文件输入朝向.png

log文件标准朝向.png (75.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

log文件标准朝向.png

chg文件.png (113.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

chg文件.png

0001.chg

1.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

0001.rar

671.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

0001log.rar

158.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

0001chk.rar

1.33 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

1187

帖子

5

威望

2876

eV
积分
4163

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-9-18 11:21:18 | 只看该作者 Only view this author
扫了一下没看出来和标准取向的有什么差别...脚本的第二步Geom=Allcheck读的应该是优化后最后一步的标准取向。所以最后输出也是标准取向。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2021-9-18 13:10:33 | 只看该作者 Only view this author
chg里的坐标明明就是标准朝向下的坐标
怀疑你是不是看串列了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

60

帖子

0

威望

576

eV
积分
636

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-18 14:46:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-18 13:10
chg里的坐标明明就是标准朝向下的坐标
怀疑你是不是看串列了

x轴的坐标倒是对,yz轴坐标是反的,正负号不一样

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-9-19 04:49:59 | 只看该作者 Only view this author
上传给RESP计算脚本用的输入文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

60

帖子

0

威望

576

eV
积分
636

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-21 08:56:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-19 04:49
上传给RESP计算脚本用的输入文件

文件已上传

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2021-9-21 10:36:49 | 只看该作者 Only view this author

你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview用atom list editor看的坐标



应该你是哪里搞错了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

60

帖子

0

威望

576

eV
积分
636

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-22 10:57:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-21 10:36
你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview ...

老师,我是用chk文件从超算上转的fchk文件,fchk和chg的坐标一样,但是和log文件里面的坐标不一样,转化过程中出问题了吗,log文件和chk文件已上传

60

帖子

0

威望

576

eV
积分
636

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-22 14:53:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-21 10:36
你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview ...

老师,我知道原因了,是我自己的问题,我将优化输出 log文件转成gjf文件,又放到高斯里面计算其他的东西,这样导出的chk文件和转化的fchk文件就和原输出的log文件的坐标有了差异,麻烦了,老师!

60

帖子

0

威望

576

eV
积分
636

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-22 15:15:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-21 10:36
你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview ...

但是老师,我这里有个问题想问一下,优化输出log文件,转成gjf文件,加入关键词pop=NPA(不再进行优化),这样第二次输出的log文件会与第一次的log文件中的坐标出现上述问题,那我计算的NPA电荷是不是具有意义?

1万

帖子

0

威望

9851

eV
积分
22085

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2021-9-22 15:45:43 | 只看该作者 Only view this author
libo371324 发表于 2021-9-22 08:15
但是老师,我这里有个问题想问一下,优化输出log文件,转成gjf文件,加入关键词pop=NPA(不再进行优化), ...

只要你的分子只是整体取向变了,结构本身没变,那么电荷就是有意义的,因为NPA电荷与分子取向无关
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125122

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2021-9-23 05:04:38 | 只看该作者 Only view this author
libo371324 发表于 2021-9-22 15:15
但是老师,我这里有个问题想问一下,优化输出log文件,转成gjf文件,加入关键词pop=NPA(不再进行优化), ...

搞清楚输入朝向和标准朝向的差异,仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html

NPA电荷不受朝向影响。拟合静电势电荷由于拟合点的分布原因,可能轻微受朝向的影响,但只要拟合点足够多这就不是问题。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 01:53 , Processed in 0.342575 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list