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氢转移的能垒特别高吗

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发布时间: 2021-9-26 23:58

正文摘要:

我在计算一个涉及氢转移反应的机理,找到了过渡态,IRC显示和反应历程吻合,虚频只有一个,但数值较大,三个反应都在-1700~-2000的范围,而且反应能垒很高,分别是57,47,43kcal/mol。 反应是在室温做的,想请问一 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2021-9-27 23:47:00
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 16:15
溶剂用的是水和乙醇的混合溶剂,水的传递能力要强一些吗?
显式描述就是把水分子的坐标直接写到文件里面 ...

严格来说水和乙醇最好都试一下。显式考虑溶剂就是把溶剂分子当作反应物,不过即便显式描述了一个或若干个溶剂分子,也需要用隐式溶剂模型描述周围的其他溶剂分子
mfdsrax2 发表于 Post on 2021-9-27 23:15:17
wzkchem5 发表于 2021-9-27 22:43
对,第一必须考虑溶剂,第二和质子转移位点直接形成氢键的溶剂分子建议显式描述,第三可以考虑溶剂辅助传 ...

溶剂用的是水和乙醇的混合溶剂,水的传递能力要强一些吗?
显式描述就是把水分子的坐标直接写到文件里面,就像它是反应物一样?隐式就是在关键词里面写SCRF=SMD这样?
wzkchem5 发表于 Post on 2021-9-27 22:43:17
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 15:36
从化学常识来看,肯定是质子转移,这种是不是对溶剂比较敏感

对,第一必须考虑溶剂,第二和质子转移位点直接形成氢键的溶剂分子建议显式描述,第三可以考虑溶剂辅助传递质子的机理,比如溶剂是水,A-H想要传质子给B,它可以先传质子给水,在传的过程中,水分子的另一个质子给B,这样传递结束以后水分子还是水分子,等于水分子催化了质子转移
mfdsrax2 发表于 Post on 2021-9-27 22:36:17
wzkchem5 发表于 2021-9-27 21:04
转移的是氢原子还是质子,从化学常识看。只要你能正确画出反应物和产物的共振式,自然可以知道转移的是氢 ...

从化学常识来看,肯定是质子转移,这种是不是对溶剂比较敏感
wzkchem5 发表于 Post on 2021-9-27 21:07:13
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 13:55
Sob老师,自旋布居是怎么算的,我查了很久,只有这里说是Multiwfn算的,但是没有具体方法
http://bbs.ke ...

高斯也能做,你在你高斯的输出文件里搜population。不过默认的Mulliken、Lowdin布居结果不可靠,不保证所有情况下都判断正确,建议用Hirshfeld或NPA布居数。
Multiwfn支持的布居分析类型更多,具体用法自己去Multiwfn官网找Multiwfn说明书看
wzkchem5 发表于 Post on 2021-9-27 21:04:14
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 09:29
热力学有利是指deltaG

转移的是氢原子还是质子,从化学常识看。只要你能正确画出反应物和产物的共振式,自然可以知道转移的是氢原子还是质子。
氢原子转移和质子转移是很不一样的两类反应
sobereva 发表于 Post on 2021-9-27 21:02:36
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 20:55
Sob老师,自旋布居是怎么算的,我查了很久,只有这里说是Multiwfn算的,但是没有具体方法
http://bbs.ke ...

明明第一条就是,怎么查了很久,别告我你用的是百毒






明显是你关键词写错了
分清楚t和(T)

mfdsrax2 发表于 Post on 2021-9-27 20:55:54
sobereva 发表于 2021-9-27 20:04
算自旋布居结合原子电荷就可以判断转移的是哪种

Sob老师,自旋布居是怎么算的,我查了很久,只有这里说是Multiwfn算的,但是没有具体方法
http://bbs.keinsci.com/thread-10282-1-1.html

另外,加入溶剂模型后ccsd就不能加t了,这个应该怎么办
sobereva 发表于 Post on 2021-9-27 20:04:20
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 16:29
热力学有利是指deltaG

算自旋布居结合原子电荷就可以判断转移的是哪种
wzkchem5 发表于 Post on 2021-9-27 16:13:55
mfdsrax2 发表于 2021-9-27 03:59
算能量用的是MP4/6-311++g(d,p)//M062x/6-311++g(d,p)
氢转移都是N上的氢原子,氨基到氰基,氨基到亚胺 ...

转移的是氢原子还是质子?以及这个反应热力学有利吗?如果热力学非常不利,先解决热力学的问题
mfdsrax2 发表于 Post on 2021-9-27 13:16:25
sobereva 发表于 2021-9-27 11:26
这年头还用MP4,几乎是搞笑
算得动MP4的基本都用CCSD(T)或DLPNO-CCSD(T)
6-311++g(d,p)给高级别后HF用是 ...

确实是小体系,计算量不大,那用CCSD(T)/def2tzvp行吗
喵星大佬 发表于 Post on 2021-9-27 12:06:22
怎么MP4都出来了
sobereva 发表于 Post on 2021-9-27 11:26:28
这年头还用MP4,几乎是搞笑
算得动MP4的基本都用CCSD(T)或DLPNO-CCSD(T)
6-311++g(d,p)给高级别后HF用是典型的反面教材

和实验不符可能原因很多,此文文末说了
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html

诸如对某些情况忽略了靠显式溶剂模型才能描述的溶剂催化效果,势垒的数量级都不合理。

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