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请教Gromacs如何分析键能

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wILlD

发布时间: 2021-9-27 09:45

正文摘要:

这篇文章做了分子动力学分析之后，进行了键长和键能的分析。我想请教gromacs如何分析键能呢？还是他是把结构转到量化软件再分析的键能？（doi.org/10.1021/jacs.6b11382）

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wILlD 发表于 Post on 2021-9-27 14:43:36

sobereva 发表于 2021-9-27 11:30
文中应当对计算细节有足够充分的说明，正文没写的话注意看SI。都没写清楚的直接发邮件问作者

分子力场级 ...

看了下SI确实是用高斯算的。发的文章我好好研究一下

sobereva 发表于 Post on 2021-9-27 11:30:59

文中应当对计算细节有足够充分的说明，正文没写的话注意看SI。都没写清楚的直接发邮件问作者

分子力场级别的片段间作用能靠GROMACS的能量组就能算，更准确的计算需要量子化学程序，其中氢键作用能适合结合Multiwfn做AIM分析，可以把两个分子中某个氢键的键能单独算出来，见下文
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

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