想问问下这篇文献出处 |
计算小虫 发表于 2021-10-12 04:12 需要做构象/构型搜索，参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html |
wzkchem5 发表于 2021-10-11 18:39 你说的是对的，手动赞啦。还有个问题是如果我想优化这种两个正负离子的结构，就是看成一个整体，学习的方向是什么呢？这是一个例子，再比如另一个例子，离子液体，我想整体优化这个结构。如何确定离子子建的距离和方位呢？距离可能Scan一下，但方位呢，有点头疼，请教一下。 |
计算小虫 发表于 2021-10-11 16:17 看此文了解基本知识 使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据 http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html） shermo手册附录部分有热力学量的计算的基本原理 |
计算小虫 发表于 2021-10-11 10:42 按文献这个画法，文献应该是两个反应物分别算自由能，再加起来，作为反应物的自由能的，而不是放在一起算自由能的 |
| 参与人数Participants 1 | eV +4 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 4 |
wzkchem5 发表于 2021-10-9 15:55 初态构象是我画的，过渡态是文献中的。有个问题是像初态这种含有正负离子的构象优化，怎么做呢？也就是氢氧根离子位置如何确定才是最准确的呢？ |
sobereva 发表于 2021-10-10 12:58 老师，计算文件中的热力学校正量怎么理解？为什么会有热力学校正量呢？ |
计算小虫 发表于 2021-10-10 11:11 谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态 http://sobereva.com/82 看第6节 |
sobereva 发表于 2021-10-9 17:30 老师，怎么样在高斯view中给N上加上一个正电荷，OH离子的氧上加上一个负电荷？如果能加的话，不知道是不是在这个原因导致的结果不同。 |
计算小虫 发表于 2021-10-9 17:15 显然是单点能 |
本帖最后由 计算小虫 于 2021-10-9 17:22 编辑 sobereva 发表于 2021-10-9 16:19 好的，你看图片中的文献结果——表下面说的是single point calculation，不是单点能吗？还有就是文献中计算的EA称为activation energy。 |
本帖最后由 计算小虫 于 2021-10-9 17:21 编辑 wzkchem5 发表于 2021-10-9 15:55 文献没有说加没加零点能，文献中计算的EA称为activation energy。你看图片中的文献结果表下面说的是single point calculation，我用的文献SI给的结构，自己也优化过，一样的。 |
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把这两篇仔细看了 谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量 http://sobereva.com/488（http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html） 使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据 http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html） 仔细看清楚文献的描述，弄清楚文献用的是电子能量还是某种热力学量 |
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文献有没有加零点能？ 你的结构是包括构象都和文献一样吗？是用文献SI给的分子坐标作为初始结构的，还是自己根据文献的图画的结构？ |
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