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脚本求助:自动识别有机分子的二面角位点

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发布时间: 2021-10-9 13:33

正文摘要:

本帖最后由 ShangChien 于 2021-10-9 13:35 编辑 计算有机分子的电子和空穴重整能需要固定结构中所有二面角。简单的共轭分子还可以在高斯中手动固定,但是有些复杂的体系(如下图三芳胺)手动固定就非常麻烦,还 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-10-10 21:28:14
ShangChien 发表于 2021-10-10 19:46
sob老师,我好像才明白您的意思。也就是说gaussian会自动识别“D * * * * F”中的通配符*喽。学到了!!

是的
优化任务一开始会输出一个冗余内坐标列表,从里面也能直接看到当前哪些被冻结了
ShangChien 发表于 Post on 2021-10-10 19:46:21
sobereva 发表于 2021-10-9 16:09
根本就不需要任何脚本,直接opt=modredundant,末尾空一行写D * * * * F就能冻结所有二面角

sob老师,我好像才明白您的意思。也就是说gaussian会自动识别“D * * * * F”中的通配符*喽。学到了!!
ShangChien 发表于 Post on 2021-10-10 19:37:05
sobereva 发表于 2021-10-9 16:09
根本就不需要任何脚本,直接opt=modredundant,末尾空一行写D * * * * F就能冻结所有二面角

sob老师授课辛苦了!我这里的需求就是,批量找出确定每个二面角"D * * * * F"表达式的四个原子序号。我的课题需要高通量计算大量分子,高斯手动固定太慢了。
sobereva 发表于 Post on 2021-10-9 16:09:43
根本就不需要任何脚本,直接opt=modredundant,末尾空一行写D * * * * F就能冻结所有二面角

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