脚本求助：自动识别有机分子的二面角位点

ShangChien · 发表于 Post on 2021-10-9 13:33:19

本帖最后由 ShangChien 于 2021-10-9 13:35 编辑

计算有机分子的电子和空穴重整能需要固定结构中所有二面角。简单的共轭分子还可以在高斯中手动固定，但是有些复杂的体系（如下图三芳胺）手动固定就非常麻烦，还容易有遗漏。虽然需求很迫切，但是自己代码技术薄弱，而且想的思路太复杂。有没有前辈做过相关工作？或者给点思路指点，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-9 16:09:43

根本就不需要任何脚本，直接opt=modredundant，末尾空一行写D * * * * F就能冻结所有二面角

ShangChien · 发表于 Post on 2021-10-10 19:37:05

sobereva 发表于 2021-10-9 16:09
根本就不需要任何脚本，直接opt=modredundant，末尾空一行写D * * * * F就能冻结所有二面角

sob老师授课辛苦了！我这里的需求就是，批量找出确定每个二面角"D * * * * F"表达式的四个原子序号。我的课题需要高通量计算大量分子，高斯手动固定太慢了。

ShangChien · 发表于 Post on 2021-10-10 19:46:21

sobereva 发表于 2021-10-9 16:09
根本就不需要任何脚本，直接opt=modredundant，末尾空一行写D * * * * F就能冻结所有二面角

sob老师，我好像才明白您的意思。也就是说gaussian会自动识别“D * * * * F”中的通配符*喽。学到了！！

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-10 21:28:14

ShangChien 发表于 2021-10-10 19:46
sob老师，我好像才明白您的意思。也就是说gaussian会自动识别“D * * * * F”中的通配符*喽。学到了！！

是的
优化任务一开始会输出一个冗余内坐标列表，从里面也能直接看到当前哪些被冻结了

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[Gaussian/gview] 脚本求助：自动识别有机分子的二面角位点

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