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第一次建立晶体表面吸附模型,求教!

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发布时间: 2021-10-13 11:35

正文摘要:

本帖最后由 renzhogn424 于 2021-10-13 12:03 编辑 目的是研究一种表面活性剂在萤石表面的吸附行为。 参考教程,对萤石切面(111),设置真空层,扩胞后放上有机分子,我这个有机分子有点长,于是我扩胞扩得有点 ...

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123wy 发表于 Post on 2022-11-16 16:05:48
ABetaCarw 发表于 2021-10-13 18:29
跟2楼一样想法,建议分子动力学算吧。上面也别那么小气放一个分子 可以多搞点,体系搞到10000原子都OK。如 ...

请问一下固体与固体之间的表面吸附Forcite能做吗  就像VC和WC  碳化钒是作为抑制剂作用吸附在碳化钨晶体上的  
卡开发发 发表于 Post on 2021-10-15 01:42:43
renzhogn424 发表于 2021-10-14 18:34
哈哈,谢谢卡老师,那个团簇优化的结果是长链分子包裹了那个团簇。。。。然后我想想这和实际情况是不符的 ...

得看你实际基底粒径大致情况,如果很大,那么长链分子根本没办法以那样的构型吸附,如果不够大问题则更复杂。点电荷即一种背景电荷的方式,这里说的可能不太严谨。TB可以是xTB,也可以是DFTB。
renzhogn424 发表于 Post on 2021-10-14 18:34:16
卡开发发 发表于 2021-10-14 10:57
团簇行不通,即便点电荷这些修正全考虑上去,基底的团簇要覆盖你分子的范围其实也要很多原子,这样不现实 ...

哈哈,谢谢卡老师,那个团簇优化的结果是长链分子包裹了那个团簇。。。。然后我想想这和实际情况是不符的嘛。
多问一下
TB是指xTB么?点电荷修正是什么?有没有相关资料学习下?
卡开发发 发表于 Post on 2021-10-14 10:57:13
renzhogn424 发表于 2021-10-14 08:35
是,如果是动力学,就可以放大体系了

团簇行不通,即便点电荷这些修正全考虑上去,基底的团簇要覆盖你分子的范围其实也要很多原子,这样不现实。还是建议经典力场或TB的方法来整,不过可靠性也全看力场和经验参数质量。

现在这代算是真不行,不知道哪家机构培训几天就敢来做了。
renzhogn424 发表于 Post on 2021-10-14 08:38:07
sobereva 发表于 2021-10-13 19:59
代算纯属瞎算,骗你钱的
簇就取那么丁点难道还能展现实际情况?代算的考虑背景电荷、capped ECP没?没考虑 ...

确实没考虑那些问题,簇取大些应该会好点吧。当时组里人啥也不懂,就请人算了

我再试试cp2k的xtb看看。
renzhogn424 发表于 Post on 2021-10-14 08:35:17
ABetaCarw 发表于 2021-10-13 18:29
跟2楼一样想法,建议分子动力学算吧。上面也别那么小气放一个分子 可以多搞点,体系搞到10000原子都OK。如 ...

是,如果是动力学,就可以放大体系了
renzhogn424 发表于 Post on 2021-10-14 08:34:51
EdwardLimit 发表于 2021-10-13 17:52
你要不拿经典的分子动力学算吧,算个吸附还涉及不到电子层面的相互作用。

谢谢提示,我再研究研究动力学。
sobereva 发表于 Post on 2021-10-13 19:59:07
代算纯属瞎算,骗你钱的
簇就取那么丁点难道还能展现实际情况?代算的考虑背景电荷、capped ECP没?没考虑的话完全就是垃圾数据,稍微碰到点有计算常识的审稿人都会被一通comment
千万别轻易找代算
谈谈我对计算化学代算的看法
http://sobereva.com/505

前面的人说的基于经典力场模拟没问题。若非要第一性原理层面模拟,或许CP2K里用GFN-xTB还能勉强跑跑,但跑得动的时间尺度很短
ABetaCarw 发表于 Post on 2021-10-13 18:29:40
跟2楼一样想法,建议分子动力学算吧。上面也别那么小气放一个分子 可以多搞点,体系搞到10000原子都OK。如果版权好解决 推荐Forcite跑这个
EdwardLimit 发表于 Post on 2021-10-13 17:52:37
你要不拿经典的分子动力学算吧,算个吸附还涉及不到电子层面的相互作用。

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