wzkchem5 发表于 2022-7-17 20:32 老师，我今天试着做了一个更大的QM体系，xtb显示%CPU=1200，可能之前那个QM区域比较小, 用不到12核. |
wzkchem5 发表于 2022-7-17 20:32 已经在./bashrc里面设置过，用Gaussian+xtb，可以看见%CPU=1200，我觉得可能amber自带的接口没有考虑到orca接了xtb的情况。 |
yjb 发表于 2022-7-17 12:55 那可能是xtb确实没有读到你设的num_threads，比如可能因为你用的程序接口本来就没考虑到QM区用xtb的情形。可以手动把OMP_NUM_THREADS设为12看看 |
wzkchem5 发表于 2022-7-17 19:39 我是看到节点上top显示出来的%CPU，orca进程占了不到一个核，xtb显示 %CPU经常保持在50。 |
yjb 发表于 2022-7-17 11:05 所以你看的是orca进程还是xtb进程？orca进程占了不到一个核是合理的，因为本来主要计算就不是orca主程序做的。如果xtb用了不到一个核，那才是不正常的现象，但xtb只有一个进程，无所谓“所有并行加起来”。 |
wzkchem5 发表于 2022-7-17 17:36 老师，我的表述可能有误，orca是并行计算的，就是所有并行加起来可能只用了一个核不到。非常感谢老师您的指导。 |
yjb 发表于 2022-7-17 09:08 你是怎么判断orca是单核计算的？ 有两个问题不知道你有没有考虑到：（1）在xtb计算的时候，orca进程是空闲的，只有xtb进程在工作，所以如果你只看了orca进程，可能就会发现只占了一个核，甚至连一个核都没占到；（2）xtb程序是OpenMP并行的，所以top、ps aux的时候只显示一行，不像orca这种MPI并行的程序那样，几核并行就显示几行。 |
sobereva 发表于 2021-11-2 12:29 卢老师，我使用amber+orca进行QM/MM MD, 使用GFN2-xTB, 可以正常运行，设置了num_threads=12，但是在计算的过程中发现orca只单核计算。但是用DFT（比如b3lyp/6-31G*）可以正常按num_threads设置的核数跑。这个问题是orca调用xtb程序，本身就只能单核运算吗？谢谢老师。 |
| otool_xtb 指向xtb，不是指向目录 |
mettlyz 发表于 2021-11-2 13:41 ln软链接的时候xtb的路径是相对路径还是绝对路径，路径是对的吗？ |
mettlyz 发表于 2021-11-2 09:16 xTB不支持CPCM、SMD溶剂模型，只支持ALPB溶剂模型。需要加 ! ALPB(溶剂名) 关键词 具体可以在orca手册里搜ALPB，有相关介绍 |
sobereva 发表于 2021-11-2 12:49 能再请问一下，为什么加了溶剂模型就不行嘛？或者我要怎么修改这个溶剂模型？ |
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